معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

NWB conversion scripts and tutorials.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	axel-lab-to-nwb-0.1.0
نام	axel-lab-to-nwb
نسخه کتابخانه	0.1.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Luiz Tauffer and Ben Dichter
ایمیل نویسنده	-
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/axel-lab-to-nwb/
مجوز	-

# axel-lab-to-nwb NWB conversion scripts and tutorials. A collaboration with [Axel Lab](https://www.axellab.columbia.edu/). # Install To clone the repository and set up a conda environment, do: ``` $ git clone https://github.com/ben-dichter-consulting/axel-lab-to-nwb.git $ conda env create -f axel-lab-to-nwb/make_env.yml $ source activate convert_to_nwb ``` Alternatively, to install directly in an existing environment: ``` $ pip install axel-lab-to-nwb ``` # Use After activating the correct environment, the conversion function can be used in different forms: **1. Imported and run from a python script:** Here's an example: we'll grab the data from the same experiment but stored in different `.npz` files and save it to a single `.nwb` file. ```python from axel_lab_to_nwb import conversion_function source_paths = {} source_paths['processed data'] = {'type': 'file', 'path': PATH_TO_FILE} source_paths['sparse matrix'] = {'type': 'file', 'path': PATH_TO_FILE} source_paths['ref image'] = {'type': 'file', 'path': PATH_TO_FILE} f_nwb = 'fly2.nwb' metafile = 'metafile.yml' conversion_function(source_paths=source_paths, f_nwb=f_nwb, metafile=metafile, plot_rois=False) ``` **2. Command line:** Similarly, the conversion function can be called from the command line in terminal: ``` $ python conversion_module.py [processed_data_file] [sparse_matrix_file] [ref_image_file] [output_file] [metadata_file] ``` **3. Graphical User Interface:** To use the GUI, just run the auxiliary function `nwb_gui.py` from terminal: ``` $ python nwb_gui.py ``` ![](/media/gui.PNG) **4. Tutorial:** At [tutorials](https://github.com/ben-dichter-consulting/axel-lab-to-nwb/tree/master/tutorials) you can also find Jupyter notebooks with the step-by-step process of conversion.

نیازمندی

مقدار	نام
-	cycler
-	scipy
-	matplotlib
-	numpy
-	jupyter
-	h5py
-	pynwb
-	ndx-grayscalevolume
-	pyyaml
-	skimage
-	seaborn

نحوه نصب

نصب پکیج whl axel-lab-to-nwb-0.1.0:

pip install axel-lab-to-nwb-0.1.0.whl

نصب پکیج tar.gz axel-lab-to-nwb-0.1.0:

pip install axel-lab-to-nwb-0.1.0.tar.gz