معرفی شرکت ها
autoreject-0.4.1
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Automated rejection and repair of epochs in M/EEG.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | autoreject-0.4.1 |
| نام | autoreject |
| نسخه کتابخانه | 0.4.1 |
| نگهدارنده | ['Mainak Jas'] |
| ایمیل نگهدارنده | ['mainakjas@gmail.com'] |
| نویسنده | - |
| ایمیل نویسنده | - |
| آدرس صفحه اصلی | http://autoreject.github.io/ |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/autoreject/ |
| مجوز | BSD-3-Clause |
autoreject
==========
|CircleCI|_ |GitHub Actions|_ |Codecov|_ |PyPI|_ |Conda-Forge|_
.. |CircleCI| image:: https://circleci.com/gh/autoreject/autoreject/tree/master.svg?style=shield&circle-token=:circle-token
.. _CircleCI: https://circleci.com/gh/autoreject/autoreject
.. |GitHub Actions| image:: https://github.com/autoreject/autoreject/actions/workflows/test.yml/badge.svg
.. _GitHub Actions: https://github.com/autoreject/autoreject/actions/workflows/test.yml
.. |Codecov| image:: http://codecov.io/github/autoreject/autoreject/coverage.svg?branch=master
.. _Codecov: http://codecov.io/github/autoreject/autoreject?branch=master
.. |PyPI| image:: https://badge.fury.io/py/autoreject.svg
.. _PyPI: https://badge.fury.io/py/autoreject
.. |Conda-Forge| image:: https://img.shields.io/conda/vn/conda-forge/autoreject.svg
.. _Conda-Forge: https://anaconda.org/conda-forge/autoreject/
This is a library to automatically reject bad trials and repair bad sensors in magneto-/electroencephalography (M/EEG) data.
.. image:: https://autoreject.github.io/stable/_images/sphx_glr_plot_auto_repair_001.png
:width: 400
The documentation can be found under the following links:
- for the `stable release <https://autoreject.github.io/stable/index.html>`_
- for the `latest (development) version <https://autoreject.github.io/dev/index.html>`_
.. docs_readme_include_label
Installation
------------
We recommend the `Anaconda Python distribution <https://www.anaconda.com/>`_
and a **Python version >= 3.7**.
To obtain the stable release of ``autoreject``, you can use ``pip``::
pip install -U autoreject
Or ``conda``::
conda install -c conda-forge autoreject
If you want the latest (development) version of ``autoreject``, use::
pip install https://api.github.com/repos/autoreject/autoreject/zipball/master
If you do not have admin privileges on the computer, use the ``--user`` flag
with `pip`.
To check if everything worked fine, you can do::
python -c 'import autoreject'
and it should not give any error messages.
Below, we list the dependencies for ``autoreject``.
All required dependencies are installed automatically when you install ``autoreject``.
* ``mne`` (>=1.0)
* ``numpy`` (>=1.20)
* ``scipy`` (>=1.6)
* ``scikit-learn`` (>=0.24)
* ``joblib``
* ``matplotlib`` (>=3.3)
Optional dependencies are:
* ``openneuro-py`` (>= 2021.10.1, for fetching data from `OpenNeuro.org <https://openneuro.org>`_)
Quickstart
==========
The easiest way to get started is to copy the following three lines of code
in your script:
.. code:: python
>>> from autoreject import AutoReject
>>> ar = AutoReject()
>>> epochs_clean = ar.fit_transform(epochs) # doctest: +SKIP
This will automatically clean an `epochs` object read in using MNE-Python. To get the
rejection dictionary, simply do:
.. code:: python
>>> from autoreject import get_rejection_threshold
>>> reject = get_rejection_threshold(epochs) # doctest: +SKIP
We also implement RANSAC from the `PREP pipeline <https://doi.org/10.3389/fninf.2015.00016>`_.
The API is the same:
.. code:: python
>>> from autoreject import Ransac
>>> rsc = Ransac()
>>> epochs_clean = rsc.fit_transform(epochs) # doctest: +SKIP
For more details check out the example to
`automatically detect and repair bad epochs <https://autoreject.github.io/stable/_images/sphx_glr_plot_auto_repair_001.png>`_.
Bug reports
===========
Please use the `GitHub issue tracker <https://github.com/autoreject/autoreject/issues>`_ to report bugs.
Cite
====
[1] Mainak Jas, Denis Engemann, Federico Raimondo, Yousra Bekhti, and Alexandre Gramfort, "`Automated rejection and repair of bad trials in MEG/EEG <https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01313458/document>`_."
In 6th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging (PRNI), 2016.
[2] Mainak Jas, Denis Engemann, Yousra Bekhti, Federico Raimondo, and Alexandre Gramfort. 2017.
"`Autoreject: Automated artifact rejection for MEG and EEG data <http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1053811917305013>`_".
NeuroImage, 159, 417-429.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=1.20 | numpy |
| >=1.6 | scipy |
| >=1.0 | mne[hdf5] |
| >=0.24 | scikit-learn |
| - | joblib |
| >=3.3 | matplotlib |
| - | sphinx |
| - | sphinx-gallery |
| - | sphinx-bootstrap-theme |
| - | sphinx-copybutton |
| - | sphinx-github-role |
| - | numpydoc |
| - | cython |
| - | pillow |
| >=2021.10.1 | openneuro-py |
| - | pytest |
| - | pytest-cov |
| - | pytest-sugar |
| - | check-manifest |
| - | flake8 |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| ~=3.7 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl autoreject-0.4.1:
pip install autoreject-0.4.1.whl
نصب پکیج tar.gz autoreject-0.4.1:
pip install autoreject-0.4.1.tar.gz