معرفی شرکت ها

autogenes-1.0.4

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
1.0.4
1.0.3
1.0.1
1.0
1.0.4
1.0.3
1.0.1
1.0

توضیحات

Automatic Gene Selection for Bulk Deconvolution
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل autogenes-1.0.4
نام autogenes
نسخه کتابخانه 1.0.4
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Hananeh Aliee, Maxim Schmidt
ایمیل نویسنده hananeh.aliee@helmholtz-muenchen.de
آدرس صفحه اصلی https://github.com/theislab/AutoGeneS
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/autogenes/
مجوز BSD
# AutoGeneS AutoGeneS **automatically** extracts informative genes and reveals the cellular heterogeneity of bulk RNA samples. AutoGeneS requires no prior knowledge about marker genes and selects genes by **simultaneously optimizing multiple criteria**: minimizing the correlation and maximizing the distance between cell types. It can be applied to reference profiles from various sources like single-cell experiments or sorted cell populations. ![Workflow of AutoGeneS](./images/overview.png) For a multi-objective optimization problem, there usually exists no single solution that simultaneously optimizes all objectives. In this case, the objective functions are said to be conflicting, and there exists a (possibly infinite) number of **Pareto-optimal solutions**. Pareto-(semi)optimal solutions are a set of all solutions that are not dominated by any other explored solution. Pareto-optimal solutions offer a set of equally good solutions from which to select, depending on the dataset ## Installation 1. PyPI only <br/> ```pip install autogenes```<br/> 2. Development Version (latest version on github) <br/> ```git clone https://github.com/theislab/AutoGeneS```<br/> ```pip install dist/autogenes-1.0.3-py3-none-any.whl```<br/> ## Example [Example on pseudo bulks](https://github.com/theislab/AutoGeneS/blob/master/deconv_example/bulkDeconvolution_using_singleCellReferenceProfiles.ipynb) ## Documentation [Documentation](https://autogenes.readthedocs.io/en/latest/) [Getting Started](https://autogenes.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html) ## Dependencies * python>=3.6 * pandas>=0.25.1 * anndata>=0.6.22.post1 * numpy>=1.17.2 * dill>=0.3.1.1 * deap>=1.3.0 * scipy>=1.3 * cachetools>=3.1.1 * scikit-learn>=0.21.3 * matplotlib>=3.0 ## Citation [Aliee, Hananeh and Theis, Fabian, AutoGeneS: Automatic gene selection using multi-objective optimization for RNA-seq deconvolution](https://www.biorxiv.org/content/early/2020/02/23/2020.02.21.940650)


نیازمندی

مقدار نام
>=0.25.1 pandas
>=0.6.22.post1 anndata
>=1.17.2 numpy
>=0.3.1.1 dill
>=1.3.0 deap
>=1.3 scipy
>=3.1.1 cachetools
>=0.21.3 scikit-learn
>=3.0.* matplotlib


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.6 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl autogenes-1.0.4:

    pip install autogenes-1.0.4.whl


نصب پکیج tar.gz autogenes-1.0.4:

    pip install autogenes-1.0.4.tar.gz