معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Multi-CPU / multi-GPU parallel tempering

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	atooms-pt-1.1.1
نام	atooms-pt
نسخه کتابخانه	1.1.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Daniele Coslovich
ایمیل نویسنده	daniele.coslovich@umontpellier.fr
آدرس صفحه اصلی	https://gitlab.info-ufr.univ-montp2.fr/daniele.coslovich/atooms/parallel_tempering
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/atooms-pt/
مجوز	GPLv3

atooms-pt: Multi-core / multi-GPU parallel tempering ==================================================== |pypi| |version| |license| |DOI| `Parallel tempering <https://en.wikipedia.org/wiki/Parallel_tempering>`__ is a simulation method that accelerates sampling of configuration space in systems with rugged energy landscapes. Applications range from the simulation of biomolecules to studies of phase transitions in condensed matter or spin glasses. The key idea is to perform Monte Carlo or molecular dynamics simulations of independent replicas of the system of interest at different state conditions (say, temperatures). During the simulation, the states of pairs of replicas are exchanged in a way that respects detailed balance. Through these exchanges replicas can overcome energy barriers and sample the configuration space more efficiently. Since replicas evolve independently between exchanges, the algorithm is straightforward to parallelize. atooms-pt relies on `mpi4py <http://pythonhosted.org/mpi4py/>`__ to distribute groups of replicas to multiple CPUs and/or GPUs and it builds on the `atooms <https://pypi.python.org/pypi/atooms>`__ framework to decouple the algorithm from the underlying simulation backend. The scalability is excellent up to several tens of CPUs or GPUs. The preferred simulation backend is `RUMD <http://rumd.org>`__, a molecular dynamics code running entirely on GPUs that is very efficient even on small system sizes, say of a few hundreds particles. Quick start ----------- >From the command line: .. code:: shell pt.py --steps 10 -T 1.0,0.9,0.8 -e 50000 -i data/kalj.xyz.gz /tmp/output_dir This will run 10 steps of parallel tempering simulation for three replicas, starting from the configuration in ``data/kalj.xyz.gz`` and writing output to ``/tmp/output_dir``. The replicas are simulated at temperatures 1.0, 0.9 and 0.8 and temperature exchanges are attempted every 50000 steps of the underlying simulation backend. The same simulation can be ran from python: .. code:: python from atooms.backends.rumd import Rumd from atooms.simulation import Simulation from atooms.parallel_tempering import ParallelTempering temperatures = [1.0, 0.9, 0.8] # Create backends and wrap them as simulation instances backend = [Rumd(integrator='nvt', temperature=T) for T in temperatures] sim = [Simulation(s) for s in backend] pt = ParallelTempering(sim, params=temperatures, output_path='/tmp/output_dir', steps=10, exchange_interval=50000) pt.run() The current implementation targets the RUMD molecular dynamics package, but any atooms simulation backend (for instance, LAMMPS) should work just fine. Requirements ------------ - `numpy <http://numpy.org>`__ - `atooms <https://gitlab.info-ufr.univ-montp2.fr/atooms/atooms.git>`__ - `mpi4py <http://pythonhosted.org/mpi4py/>`__ - `RUMD <http://rumd.org>`__ (for multi-GPU) Installation ------------ >From the python package index :: pip install atooms-pt >From the code repository :: git clone https://gitlab.info-ufr.univ-montp2.fr/atooms/parallel_tempering.git python setup.py install Acknowledgments --------------- This code was developed in the context of PRACE ("Partnership for Advanced Computing in Europe") project 2010PA1751 "Multi-GPU parallel tempering simulations". Authors ------- Daniele Coslovich: http://www.coulomb.univ-montp2.fr/perso/daniele.coslovich/ .. |pypi| image:: https://img.shields.io/pypi/v/atooms-pt.svg :target: https://pypi.python.org/pypi/atooms-pt/ .. |version| image:: https://img.shields.io/pypi/pyversions/atooms-pt.svg :target: https://pypi.python.org/pypi/atooms-pt/ .. |license| image:: https://img.shields.io/pypi/l/atooms-pt.svg :target: https://en.wikipedia.org/wiki/GNU_General_Public_License .. |DOI| image:: https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.1183662.svg :target: https://doi.org/10.5281/zenodo.1183662

نیازمندی

مقدار	نام
>=1	atooms

نحوه نصب

نصب پکیج whl atooms-pt-1.1.1:

pip install atooms-pt-1.1.1.whl

نصب پکیج tar.gz atooms-pt-1.1.1:

pip install atooms-pt-1.1.1.tar.gz