معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	atooms-dynamics-1.0.0
نام	atooms-dynamics
نسخه کتابخانه	1.0.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Daniele Coslovich
ایمیل نویسنده	daniele.coslovich@umontpellier.fr
آدرس صفحه اصلی	https://framagit.org/atooms/dynamics
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/atooms-dynamics/
مجوز	GPLv3

# Dynamics [![pypi](https://img.shields.io/pypi/v/atooms-dynamics.svg)](https://pypi.python.org/pypi/atooms-dynamics/) [![version](https://img.shields.io/pypi/pyversions/atooms-dynamics.svg)](https://pypi.python.org/pypi/atooms-dynamics/) [![license](https://img.shields.io/pypi/l/atooms-pp.svg)](https://en.wikipedia.org/wiki/GNU_General_Public_License) [![Binder](https://mybinder.org/badge_logo.svg)](https://mybinder.org/v2/git/https%3A%2F%2Fframagit.org%2Fatooms%2Fdynamics/HEAD?labpath=docs%2Findex.ipynb) [![pipeline](https://framagit.org/atooms/dynamics/badges/master/pipeline.svg)](https://framagit.org/atooms/dynamics/badges/master/pipeline.svg) [![coverage report](https://framagit.org/atooms/dynamics/badges/master/coverage.svg)](https://framagit.org/atooms/dynamics/-/commits/master) Netwonian and stochastic dynamics backends for atooms. ## Quick start Run a molecular dynamics simulation of a Lennard-Jones system from an existing xyz file ```python from atooms.trajectory import Trajectory from atooms.simulation import Simulation from atooms.dynamics.netwonian import VelocityVerlet # Start from the last frame of input.xyz trajectory = Trajectory('input.xyz') system = trajectory[-1] system.interaction = Interaction('lennard_jones') backend = VelocityVerlet(system, timestep=0.002) sim = Simulation(backend, steps=200) sim.run() ``` Do the same via the API, storing configurations in `output.xyz`, ```python from atooms.dynamics.api import md md('input.xyz', 'output.xyz', method='velocity-verlet', model='lennard_jones', dt=0.002, nsteps=200, config_number=20) ``` or from the command line ```sh md.py --method velocity-verlet -n 200 --dt 0.002 --config-number 20 input.xyz output.xyz ``` ## Features Integration algorithms (work in progress) - Netwonian dynamics - velocity-Verlet - Nose-Poincaré - event-driven - Stochastic dynamics - overdamped Langevin dynamics ## Documentation Check out the [tutorial](https://atooms.frama.io/dynamics/tutorial) for more examples and the [public API](https://atooms.frama.io/postprocessing/api/dynamics) for full details. Org-mode and jupyter notebooks are available under `docs/`. You can run the tutorial interactively on [Binder]( https://mybinder.org/v2/git/https%3A%2F%2Fframagit.org%2Fatooms%2Fdynamics/HEAD?labpath=docs%2Findex.ipynb). ## Installation From pypi ``` pip install atooms-dynamics ``` You can clone the code repository and install from source ``` git clone https://framagit.org/atooms/dynamics.git cd dynamics make install ``` ## Contributing Contributions to the project are welcome. If you wish to contribute, check out [these guidelines](https://framagit.org/atooms/atooms/-/blob/master/CONTRIBUTING.md). ## Authors Daniele Coslovich: https://www.units.it/daniele.coslovich/

نیازمندی

مقدار	نام
>=1.0.6	atooms-models
>=3.5.0	atooms
-	numpy

نحوه نصب

نصب پکیج whl atooms-dynamics-1.0.0:

pip install atooms-dynamics-1.0.0.whl

نصب پکیج tar.gz atooms-dynamics-1.0.0:

pip install atooms-dynamics-1.0.0.tar.gz