معرفی شرکت ها

atesa-0.9.9

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.9.9
0.9.8
0.9.6
0.9.3
0.9.1
0.9.9
0.9.8
0.9.6
0.9.3
0.9.1

توضیحات

-
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل atesa-0.9.9
نام atesa
نسخه کتابخانه 0.9.9
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Tucker Burgin
ایمیل نویسنده tburgin@umich.edu
آدرس صفحه اصلی https://atesa.readthedocs.io/en/latest/
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/atesa/
مجوز BSD-3-Clause
<img src="docs/_images/atesa_logo.png" alt="ATESA_logo" width="400"/> [//]: # (Badges) [![Tests](https://github.com/team-mayes/atesa/actions/workflows/CI.yml/badge.svg)](https://github.com/team-mayes/atesa/actions/workflows/CI.yml) [![codecov](https://codecov.io/gh/team-mayes/atesa/branch/master/graph/badge.svg)](https://codecov.io/gh/team-mayes/atesa/branch/master) [![Documentation Status](https://readthedocs.org/projects/atesa/badge/?version=latest)](https://atesa.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest) A Python program for automating transition path sampling with aimless shooting, suitable for experts and novices alike. Full documentation available [here](https://atesa.readthedocs.io/en/latest/). ATESA automates a particular Transition Path Sampling (TPS) workflow that uses the flexible-length aimless shooting algorithm of [Mullen *et al.* 2015](http://doi.org/10.1021/acs.jctc.5b00032). ATESA interacts directly with a batch system or job manager to dynamically submit, track, and interpret various simulation and analysis jobs based on one or more initial structures provided to it. The flexible-length implementation periodically checks simulations for commitment to user-defined reactant and product states in order to maximize the acceptance ratio and minimize wasted computational resources. ATESA implements automation for obtaining a suitable initial transition state, flexible-length aimless shooting, inertial likelihood maximization, committor analysis, umbrella sampling (and analysis with the Multistate Bennett Acceptance Ratio), and equilibrium path sampling. These components constitute a near-complete automation of the workflow between identifying the reaction of interest, and obtaining, validating, and analyzing the energy profile along an unbiased and *bona fide* reaction coordinate that describes it. At present, ATESA only supports simulations with Amber, and TORQUE/PBS or Slurm batch schedulers. If you are interested in using ATESA with another simulation engine or batch scheduler, please raise an "enhancement" issue describing your needs. ### Copyright Copyright (c) 2019, Tucker Burgin #### Acknowledgements Project based on the [Computational Molecular Science Python Cookiecutter](https://github.com/molssi/cookiecutter-cms) version 1.1. Special thanks to Samuel Ellis and the Molecular Sciences Software Institute (MolSSI).


نیازمندی

مقدار نام
- pytraj
- numpy
- mdtraj
- django
- statsmodels
- oslo.concurrency
- multiprocess
- pydantic
- gnuplotlib
- numdifftools
- matplotlib
- psutil
- backports.zoneinfo


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.5 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl atesa-0.9.9:

    pip install atesa-0.9.9.whl


نصب پکیج tar.gz atesa-0.9.9:

    pip install atesa-0.9.9.tar.gz