معرفی شرکت ها

assembly-stats-0.1.4

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.1.4
0.1.3
0.1.2
0.1.1
0.1
0.1.4
0.1.3
0.1.2
0.1.1
0.1

توضیحات

Calculates both scaffold and contig statistics (N50, L50, etc.) from a scaffold FASTA file.
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل assembly-stats-0.1.4
نام assembly-stats
نسخه کتابخانه 0.1.4
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Mike Trizna
ایمیل نویسنده triznam@si.edu
آدرس صفحه اصلی https://github.com/MikeTrizna/assembly_stats
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/assembly-stats/
مجوز -
# assembly_stats A Python library that takes a FASTA file as input and calculates both scaffold and contig statistics (N50, L50, etc.) from a scaffold FASTA file. It does this by breaking each scaffold wherever there is more than one N and then calculating statistics for both the scaffolds and contigs. This is a re-write of [fasta_metadata_parser](https://github.com/pbfrandsen/fasta_metadata_parser) to speed up the old implementation, and -- most importantly -- to learn how to install Python scripts onto the Smithsonian HPC. ## Installation ``` pip install assembly_stats ``` ## Usage ``` $ assembly_stats -h usage: assembly_stats [-h] filename Calculate statistics about genome assemblies. positional arguments: filename Genome file in FASTA format. optional arguments: -h, --help show this help message and exit ``` After calculating the statistics for the genome assembly, they will be printed out in JSON format. Next steps ---------- * Add ability to save NumPy sequence length arrays for further visualization, since generating these are what takes the most time.


نیازمندی

مقدار نام
- numpy


نحوه نصب


نصب پکیج whl assembly-stats-0.1.4:

    pip install assembly-stats-0.1.4.whl


نصب پکیج tar.gz assembly-stats-0.1.4:

    pip install assembly-stats-0.1.4.tar.gz