معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Convert SNP array to VCF

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	array-as-vcf-1.1.0
نام	array-as-vcf
نسخه کتابخانه	1.1.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Leiden University Medical Center
ایمیل نویسنده	KG_bioinf@lumc.nl
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/array-as-vcf/
مجوز	MIT

# Array As VCF `array-as-vcf` is a small library and tool to convert common SNP array formats to VCF format. There are four currently supported array formats: * Affymetrix (TSV export) * Cytoscan HD Array (TSV export) * Lumi 317k array (TSV export) * Lumi 370k array (TSV export) * Multi-sample OpenArray (TSV export) Binary formats are not (yet) supported. # Requirements * Python 3.6 * requests # CLI usage The `array-as-vcf` tool will convert array files to VCF format. It will auto-detect the type of array file, and throw an error if it can't determine it. The generated VCF file is printed to stdout. A sample name to be used in the VCF file _must_ be supplied. The REF and ALT alleles will be queried from Ensembl if no `lookup-table` is supplied. This requires a working internet connection, and can be quite slow due the amount of HTTP requests that are necessary. When supplied with `lookup-table`, no requests are made for the rsIDs which exist within the lookup table. The lookup table is a JSON file, containing a single large object of shape: ```json { "rs0": "{ref_allele}:{alt_alleles}:{ref_is_minor_allele}" } ``` E.g. ```json { "rs1000003": "A:G:F" } ``` If you have never run `array-as-vcf` before , you can run `array-as-vcf` sans lookup table and `dump` the generated internal lookup table to a file for next iterations. ```bash Usage: array-as-vcf [OPTIONS] Options: -p, --path PATH Path to array file [required] -b, --build [GRCh37|GRCh38] -s, --sample-name TEXT Name of sample in VCF file -c, --chr-prefix TEXT Optional prefix to chromosome names -l, --lookup-table PATH Optional path to existing lookup table for rsIDs. -d, --dump PATH Optional path to write generated lookup table --help Show this message and exit. ```

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl array-as-vcf-1.1.0:

pip install array-as-vcf-1.1.0.whl

نصب پکیج tar.gz array-as-vcf-1.1.0:

pip install array-as-vcf-1.1.0.tar.gz