معرفی شرکت ها


argNorm-0.0.1rc3


Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Fast ARG normalization by mapping to the ARO ontology.
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل argNorm-0.0.1rc3
نام argNorm
نسخه کتابخانه 0.0.1rc3
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Hui Chong
ایمیل نویسنده huichong.me@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/BigDataBiology/argNorm
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/argNorm/
مجوز MIT
# argNorm [![Python package](https://github.com/BigDataBiology/argNorm/actions/workflows/python-package.yml/badge.svg)](https://github.com/BigDataBiology/argNorm/actions/workflows/python-package.yml) [![Downloads](https://pepy.tech/badge/argNorm)](https://pepy.tech/project/argNorm) ![](https://img.shields.io/badge/status-alpha-red?style=flat) <!-- ![](https://img.shields.io/github/license/BigDataBiology/argNorm?style=flat) --> Fast antibiotic resistance gene (ARG) normalization by mapping to the [antibiotic resistance ontology (ARO)](https://obofoundry.org/ontology/aro.html) by CARD. This is a very-first implementation (**not ready for production**), but you're welcomed to try it and provide feedback to make it better. We welcome your feedback on the [Issues Page](https://github.com/BigDataBiology/argNorm/issues). ## Supported tools - [x] [DeepARG](https://bench.cs.vt.edu/deeparg) - [x] [ARGs-OAP](https://galaxyproject.org/use/args-oap/) - [x] [Abricate](https://github.com/tseemann/abricate) (work in progress) <!-- Hamronized output - [x] [deeparg](https://bitbucket.org/gusphdproj/deeparg-largerepo/src/master/database/v2/features.fasta) - [x] [sarg](https://smile.hku.hk/SARGs/static/images/Ublastx_stageone2.3.tar.gz) - [x] [ncbi](https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pathogen/Antimicrobial_resistance/AMRFinderPlus/database/latest/AMRProt) - [x] [argannot](https://github.com/tseemann/abricate/tree/master/db/argannot) - [x] [megares](https://github.com/tseemann/abricate/tree/master/db/megares) - [x] [resfinder](https://bitbucket.org/genomicepidemiology/resfinder_db) --> <!-- Raw output - [x] [deeparg](https://bitbucket.org/gusphdproj/deeparg-largerepo/src/master/database/v2/features.fasta) - [ ] [sarg](https://smile.hku.hk/SARGs/static/images/Ublastx_stageone2.3.tar.gz) - [x] [ncbi](https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pathogen/Antimicrobial_resistance/AMRFinderPlus/database/latest/AMRProt) - [x] [argannot](https://github.com/tseemann/abricate/tree/master/db/argannot) - [x] [megares](https://github.com/tseemann/abricate/tree/master/db/megares) - [ ] [resfinder](https://bitbucket.org/genomicepidemiology/resfinder_db) --> ## Installation ```bash pip install argnorm ``` ## Basic usage Use `argnorm -h` to see available options. ```bash argnorm [database] -i [original_annotation.tsv] -o [annotation_result_with_aro.tsv] ``` ## Examples ```bash argnorm argsoap --mode reads -i examples/raw/args-oap.sarg.reads.tsv -o tmp argnorm argsoap --mode reads -i examples/hamronized/args-oap.sarg.reads.tsv -o tmp --hamronized argnorm argsoap --mode orfs -i examples/raw/args-oap.sarg.orfs.tsv -o tmp argnorm argsoap --mode orfs -i examples/hamronized/args-oap.sarg.orfs.tsv -o tmp --hamronized argnorm deeparg -i examples/raw/deeparg.deeparg.orfs.tsv -o tmp argnorm deeparg -i examples/hamronized/deeparg.deeparg.orfs.tsv -o tmp --hamronized argnorm abricate --db ncbi -i examples/raw/abricate.ncbi.tsv -o tmp argnorm abricate --db megares -i examples/raw/abricate.megares.tsv -o tmp argnorm abricate --db argannot -i examples/raw/abricate.argannot.tsv -o tmp argnorm abricate --db ncbi -i examples/hamronized/abricate.ncbi.tsv -o tmp --hamronized argnorm abricate --db megares -i examples/hamronized/abricate.megares.tsv -o tmp --hamronized argnorm abricate --db argannot -i examples/hamronized/abricate.argannot.tsv -o tmp --hamronized argnorm abricate --db resfinder -i examples/hamronized/abricate.resfinder.tsv -o tmp --hamronized ``` ## Maintainers | Name | Email | Organization | | :-------: | --------------------- | ------------------------------------------------------------ | | Hui Chong | huichong.me@gmail.com | Research Assistant, Big Data Biology Lab, Fudan University | | Svetlana Ugarcina Perovic | svetlana.ugarcina@gmail.com | Postdoc Researcher, Big Data Biology Lab, Fudan University | | Luis Pedro Coelho | luis@luispedro.org | Principle Investigator, Big Data Biology Lab, Fudan University | | Finlay Maguire | finlaymaguire@gmail.com | Assistant Professor, Department of Community Health and Epidemiology, Dalhousie University |


نیازمندی

مقدار نام
>=21.4.0 attrs
>=2022.5.18.1 certifi
>=1.1.1 iniconfig
>=1.22.4 numpy
>=21.3 packaging
>=1.4.2 pandas
>=21.2.4 pip
>=1.0.0 pluggy
>=1.11.0 py
>=3.0.9 pyparsing
>=7.1.2 pytest
>=2.8.2 python-dateutil
>=2022.1 pytz
>=61.2.0 setuptools
>=1.16.0 six
>=2.0.1 tomli
>=0.37.1 wheel


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.8 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl argNorm-0.0.1rc3:

    pip install argNorm-0.0.1rc3.whl


نصب پکیج tar.gz argNorm-0.0.1rc3:

    pip install argNorm-0.0.1rc3.tar.gz