معرفی شرکت ها
argNorm-0.0.1rc3
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Fast ARG normalization by mapping to the ARO ontology.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | argNorm-0.0.1rc3 |
| نام | argNorm |
| نسخه کتابخانه | 0.0.1rc3 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Hui Chong |
| ایمیل نویسنده | huichong.me@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/BigDataBiology/argNorm |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/argNorm/ |
| مجوز | MIT |
# argNorm
[](https://github.com/BigDataBiology/argNorm/actions/workflows/python-package.yml)
[](https://pepy.tech/project/argNorm)
<!--  -->
Fast antibiotic resistance gene (ARG) normalization by mapping to the [antibiotic resistance ontology (ARO)](https://obofoundry.org/ontology/aro.html) by CARD.
This is a very-first implementation (**not ready for production**), but you're welcomed to try it and provide feedback to make it better.
We welcome your feedback on the [Issues Page](https://github.com/BigDataBiology/argNorm/issues).
## Supported tools
- [x] [DeepARG](https://bench.cs.vt.edu/deeparg)
- [x] [ARGs-OAP](https://galaxyproject.org/use/args-oap/)
- [x] [Abricate](https://github.com/tseemann/abricate) (work in progress)
<!-- Hamronized output
- [x] [deeparg](https://bitbucket.org/gusphdproj/deeparg-largerepo/src/master/database/v2/features.fasta)
- [x] [sarg](https://smile.hku.hk/SARGs/static/images/Ublastx_stageone2.3.tar.gz)
- [x] [ncbi](https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pathogen/Antimicrobial_resistance/AMRFinderPlus/database/latest/AMRProt)
- [x] [argannot](https://github.com/tseemann/abricate/tree/master/db/argannot)
- [x] [megares](https://github.com/tseemann/abricate/tree/master/db/megares)
- [x] [resfinder](https://bitbucket.org/genomicepidemiology/resfinder_db) -->
<!-- Raw output
- [x] [deeparg](https://bitbucket.org/gusphdproj/deeparg-largerepo/src/master/database/v2/features.fasta)
- [ ] [sarg](https://smile.hku.hk/SARGs/static/images/Ublastx_stageone2.3.tar.gz)
- [x] [ncbi](https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pathogen/Antimicrobial_resistance/AMRFinderPlus/database/latest/AMRProt)
- [x] [argannot](https://github.com/tseemann/abricate/tree/master/db/argannot)
- [x] [megares](https://github.com/tseemann/abricate/tree/master/db/megares)
- [ ] [resfinder](https://bitbucket.org/genomicepidemiology/resfinder_db) -->
## Installation
```bash
pip install argnorm
```
## Basic usage
Use `argnorm -h` to see available options.
```bash
argnorm [database] -i [original_annotation.tsv] -o [annotation_result_with_aro.tsv]
```
## Examples
```bash
argnorm argsoap --mode reads -i examples/raw/args-oap.sarg.reads.tsv -o tmp
argnorm argsoap --mode reads -i examples/hamronized/args-oap.sarg.reads.tsv -o tmp --hamronized
argnorm argsoap --mode orfs -i examples/raw/args-oap.sarg.orfs.tsv -o tmp
argnorm argsoap --mode orfs -i examples/hamronized/args-oap.sarg.orfs.tsv -o tmp --hamronized
argnorm deeparg -i examples/raw/deeparg.deeparg.orfs.tsv -o tmp
argnorm deeparg -i examples/hamronized/deeparg.deeparg.orfs.tsv -o tmp --hamronized
argnorm abricate --db ncbi -i examples/raw/abricate.ncbi.tsv -o tmp
argnorm abricate --db megares -i examples/raw/abricate.megares.tsv -o tmp
argnorm abricate --db argannot -i examples/raw/abricate.argannot.tsv -o tmp
argnorm abricate --db ncbi -i examples/hamronized/abricate.ncbi.tsv -o tmp --hamronized
argnorm abricate --db megares -i examples/hamronized/abricate.megares.tsv -o tmp --hamronized
argnorm abricate --db argannot -i examples/hamronized/abricate.argannot.tsv -o tmp --hamronized
argnorm abricate --db resfinder -i examples/hamronized/abricate.resfinder.tsv -o tmp --hamronized
```
## Maintainers
| Name | Email | Organization |
| :-------: | --------------------- | ------------------------------------------------------------ |
| Hui Chong | huichong.me@gmail.com | Research Assistant, Big Data Biology Lab, Fudan University |
| Svetlana Ugarcina Perovic | svetlana.ugarcina@gmail.com | Postdoc Researcher, Big Data Biology Lab, Fudan University |
| Luis Pedro Coelho | luis@luispedro.org | Principle Investigator, Big Data Biology Lab, Fudan University |
| Finlay Maguire | finlaymaguire@gmail.com | Assistant Professor, Department of Community Health and Epidemiology, Dalhousie University |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=21.4.0 | attrs |
| >=2022.5.18.1 | certifi |
| >=1.1.1 | iniconfig |
| >=1.22.4 | numpy |
| >=21.3 | packaging |
| >=1.4.2 | pandas |
| >=21.2.4 | pip |
| >=1.0.0 | pluggy |
| >=1.11.0 | py |
| >=3.0.9 | pyparsing |
| >=7.1.2 | pytest |
| >=2.8.2 | python-dateutil |
| >=2022.1 | pytz |
| >=61.2.0 | setuptools |
| >=1.16.0 | six |
| >=2.0.1 | tomli |
| >=0.37.1 | wheel |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.8 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl argNorm-0.0.1rc3:
pip install argNorm-0.0.1rc3.whl
نصب پکیج tar.gz argNorm-0.0.1rc3:
pip install argNorm-0.0.1rc3.tar.gz