معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Aquarium strain builder tools

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	aqbt-0.0.2
نام	aqbt
نسخه کتابخانه	0.0.2
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Justin Vrana
ایمیل نویسنده	justin.vrana@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/aqbt/
مجوز	-

# Aquarium-SD2 Strain Builder Tools (aqbt) This repo contains many Aquarium-related tools for constructing new engineered strains. **Features** * Automated design and Aquarium workflow submission of plasmid assemblies * Automated design and Aquarium workflow submission of yeast constructions * Conversion of Aquarium strain definitions to engineered GFF with FASTA. * JSON-schema validated serialization of Aquarium models * Aquarium <-> Benchling integration * Aquarium <-> SynBioHub integration (coming soon) * Common file type conversions GFF <> FASTA <> Genbank <> JSON <> Benchling <> Aq <> SBOL (planned) * Aquarium database faker for unit testing ## Usage ### Installation ``` pip install . ``` Install BLAST locally using the following: ``` pyblast install ``` ### Credentials AqBuildTools (aqbt) requires a `credentials.toml` file to connect with Aquarium, Benchling and SynBioHub (coming soon). The following creates the `default` scope for a aqbt session: ``` [aquarium.production] login = 'mylogin' password = 'mypass' url = 'http://aquarium.org' [benchling.production] apikey = 'sk_398dfg983nsdfsdflksj' initials = 'UWBF' schema = 'Aquarium DNA' prefix = 'aq' folder_id = 'lib_ILUNzz6N' id = 'src_KE6uFvex' [session.default] aquarium = 'production' ``` ```python from aqbt import AquariumBuildTools aqbt = AquariumBuildTools.from_toml('credentials.toml') ``` ### Examples #### Querying the Aquarium server #### Connecting to Benchling and Synbiohub #### Plasmid construction #### Strain construction ##### Generating GFFs ## Related repos [trident](https://github.com/klavinslab/trident), [DASi](https://github.com/jvrana/DASi-DNA-Design), [Benchling API](https://github.com/klavinslab/benchling-api), [Terrarium](https://github.com/jvrana/Terrarium), [pyblast](https://github.com/jvrana/pyblast), [primer3-py-plus](https://github.com/jvrana/primer3-py-plus)

نیازمندی

مقدار	نام
>=4.36,<5.0	tqdm
>=1.0,<2.0	primer3plus
>=0.1.7,<0.2.0	loggable-jdv
>=2.1.11,<3.0.0	benchlingapi
>=0.1.5,<0.2.0	colour
>=0.14.1,<0.15.0	validators
>=0.6.6,<0.7.0	bcbio-gff
>=1.7,<2.0	google-api-python-client
>=0.0.3,<0.0.4	google-auth-httplib2
>=0.4.1,<0.5.0	google-auth-oauthlib
>=0.10.0,<0.11.0	toml
>=1.0.6,<2.0.0	pydent
>=0.9,<0.10	pyblastbio
>=1.78,<2.0	biopython
>=2.5,<3.0	networkx
>=0.2.1,<0.3.0	dasi

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6.1,<4.0.0	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl aqbt-0.0.2:

pip install aqbt-0.0.2.whl

نصب پکیج tar.gz aqbt-0.0.2:

pip install aqbt-0.0.2.tar.gz