معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

T1w human neuroimage processing with antspyx

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	antspyt1w-0.8.5
نام	antspyt1w
نسخه کتابخانه	0.8.5
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Avants, Gosselin, Tustison
ایمیل نویسنده	stnava@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/stnava/ANTsPyT1w
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/antspyt1w/
مجوز	Apache 2.0

# ANTsPyT1w [![CircleCI](https://circleci.com/gh/stnava/ANTsPyT1w/tree/master.svg?style=svg)](https://circleci.com/gh/stnava/ANTsPyT1w/tree/master) ## reference processing for t1-weighted neuroimages (human) the outputs of these processes can be used for data inspection/cleaning/triage as well for interrogating neuroscientific hypotheses. this package also keeps track of the latest preferred algorithm variations for production environments. install by calling (within the source directory): ``` python setup.py install ``` or install via `pip install antspyt1w` # what this will do - provide example data - brain extraction - denoising - n4 bias correction - brain parcellation into tissues, hemispheres, lobes and regions - hippocampus specific segmentation - t1 hypointensity segmentation and classification *exploratory* - deformable registration with robust and repeatable parameters - registration-based labeling of major white matter tracts - helpers that organize and annotate segmentation variables into data frames - hypothalamus segmentation *FIXME/TODO* the two most time-consuming processes are hippocampus-specific segentation (because it uses augmentation) and registration. both take 10-20 minutes depending on your available computational resources and the data. both could be made computationally cheaper at the cost of accuracy/reliability. # first time setup ```python import antspyt1w antspyt1w.get_data() ``` NOTE: `get_data` has a `force_download` option to make sure the latest package data is installed. # example processing ```python import os os.environ["TF_NUM_INTEROP_THREADS"] = "8" os.environ["TF_NUM_INTRAOP_THREADS"] = "8" os.environ["ITK_GLOBAL_DEFAULT_NUMBER_OF_THREADS"] = "8" import antspyt1w import antspynet import ants ##### get example data + reference templates # NOTE: PPMI-3803-20120814-MRI_T1-I340756 is a good example of our naming style # Study-SubjectID-Date-Modality-UniqueID # where Modality could also be measurement or something else fn = antspyt1w.get_data('PPMI-3803-20120814-MRI_T1-I340756', target_extension='.nii.gz' ) img = ants.image_read( fn ) # generalized default processing myresults = antspyt1w.hierarchical( img, output_prefix = '/tmp/XXX' ) ##### organize summary data into data frames - user should pivot these to columns # and attach to unique IDs when accumulating for large-scale studies # see below for how to easily pivot into wide format # https://stackoverflow.com/questions/28337117/how-to-pivot-a-dataframe-in-pandas ``` An example "full study" (at small scale) is illustrated in `~/.antspyt1w/run_dlbs.py` which demonstrates/comments on: - how to aggregate dataframes - how to pivot to wide format - how to join with a demographic/metadata file - visualizing basic outcomes. ## to publish a release ``` python3 -m build python -m twine upload -u username -p password dist/* ```

نحوه نصب

نصب پکیج whl antspyt1w-0.8.5:

pip install antspyt1w-0.8.5.whl

نصب پکیج tar.gz antspyt1w-0.8.5:

pip install antspyt1w-0.8.5.tar.gz