معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

multi-channel/time-series medical image processing with antspyx

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	antspymm-0.8.5
نام	antspymm
نسخه کتابخانه	0.8.5
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Avants, Gosselin, Tustison, Reardon
ایمیل نویسنده	stnava@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/stnava/ANTsPyMM
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/antspymm/
مجوز	Apache 2.0

# ANTsPyMM ## processing utilities for timeseries/multichannel images - mostly neuroimaging the outputs of these processes can be used for data inspection/cleaning/triage as well for interrogating hypotheses. this package also keeps track of the latest preferred algorithm variations for production environments. install by calling (within the source directory): ``` python setup.py install ``` or install via `pip install antspymm` **FIXME** # what this will do ANTsPyMM will process several types of brain MRI into tabular form as well as normalized (standard template) space. The processing includes: * T1wHier uses hierarchical processing from ANTsPyT1w organized around these measurements * CIT168 template 10.1101/211201 * Desikan Killiany Tourville (DKT) 10.3389/fnins.2012.00171 * basal forebrain (Avants et al HBM 2022 abstract) * other regions (egMTL) 10.1101/2023.01.17.23284693 * also produces jacobian data * rsfMRI: resting state functional MRI * uses 10.1016/j.conb.2012.12.009 to estimate network specific correlations * f/ALFF 10.1016/j.jneumeth.2008.04.012 * NM2DMT: neuromelanin mid-brain images * CIT168 template 10.1101/211201 * DTI: DWI diffusion weighted images organized via: * CIT168 template 10.1101/211201 * JHU atlases 10.1016/j.neuroimage.2008.07.009 10.1016/j.neuroimage.2007.07.053 * DKT for cortical to cortical tractography estimates based on DiPy * T2Flair: flair for white matter hyperintensity * https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30908194/ * https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30125711/ * https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35088930/ * T1w: voxel-based cortical thickness (DiReCT) 10.1016/j.neuroimage.2008.12.016 Results of these processes are plentiful; processing for a single subject will all modalities will take around 2 hours on an average laptop. # first time setup ```python import antspymm antspymm.get_data() ``` NOTE: `get_data` has a `force_download` option to make sure the latest package data is installed. # example processing see the latest help but this snippet gives an idea of how one might use the package: ```python import os os.environ["TF_NUM_INTEROP_THREADS"] = "8" os.environ["TF_NUM_INTRAOP_THREADS"] = "8" os.environ["ITK_GLOBAL_DEFAULT_NUMBER_OF_THREADS"] = "8" import antspymm import antspyt1w import antspynet import ants ... i/o code here ... tabPro, normPro = antspymm.mm( t1, hier, nm_image_list = mynm, rsf_image = rsf, dw_image = dwi, bvals = bval_fname, bvecs = bvec_fname, flair_image = flair, do_tractography=False, do_kk=False, do_normalization=True, verbose=True ) antspymm.write_mm( '/tmp/test_output', t1wide, tabPro, normPro ) ``` ## to publish a release ``` python3 -m build python -m twine upload -u username -p password dist/* ```

نیازمندی

مقدار	نام
>=2.10.0	h5py
>=1.19.4	numpy
>=1.0.1	pandas
>=0.2.7	antspyx
>=0.0	antspynet
>=0.2.3	antspyt1w
-	pathlib
-	dipy
-	nibabel
-	scipy
-	siq

نحوه نصب

نصب پکیج whl antspymm-0.8.5:

pip install antspymm-0.8.5.whl

نصب پکیج tar.gz antspymm-0.8.5:

pip install antspymm-0.8.5.tar.gz