معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Bulk antibody sequence preprocessing, annotation with abstar, upload to MongoDB and S3

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	antibody-ngs-pipeline-1.0.3.dev0
نام	antibody-ngs-pipeline
نسخه کتابخانه	1.0.3.dev0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	CollinJ0
ایمیل نویسنده	-
آدرس صفحه اصلی	https://www.github.com/CollinJ0/antibody_ngs_pipeline
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/antibody-ngs-pipeline/
مجوز	-

# Antibody NGS Pipeline Bulk antibody sequence preprocessing, annotation with abstar, import to MongoDB. This is based on the AbStar analysis pipeline: (www.github.com/briney/abstar) ### install `pip install antibody-ngs-pipeline` ### use To run antibody_ngs_pipeline: `antibody_ngs_pipeline` To run antibody_ngs_pipeline with FASTQC report on raw data: `antibody_ngs_pipeline -f` To run antibody_ngs_pipeline with adapter trimming by CutAdapt: `antibody_ngs_pipeline -t <path-to-adapters.fasta>` To run antibody_ngs_pipeline with quality trimming by sickle: `antibody_ngs_pipeline -q` To run antibody_ngs_pipeline with adapter trimming by CutAdapt, quality trimming with sickle and get a FASTQC report on both raw data and processed data: `antibody_ngs_pipeline -f -q -t <path-to-adapters.fasta>` ### requirements Python 3.5+ abstar abutils cutadapt pymongo Downloading from BaseSpace requires Basemount: https://basemount.basespace.illumina.com/ Quality trimming requires sickle: https://github.com/najoshi/sickle FastQC report requires FastQC: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ Merging paired sequences requires PANDAseq: https://github.com/neufeld/pandaseq batch_mongoimport (from Abstar) requires MongoDB: http://www.mongodb.org/

نحوه نصب

نصب پکیج whl antibody-ngs-pipeline-1.0.3.dev0:

pip install antibody-ngs-pipeline-1.0.3.dev0.whl

نصب پکیج tar.gz antibody-ngs-pipeline-1.0.3.dev0:

pip install antibody-ngs-pipeline-1.0.3.dev0.tar.gz