معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

ANOSPP data analysis

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	anospp-analysis-0.1.3
نام	anospp-analysis
نسخه کتابخانه	0.1.3
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Alex Makunin
ایمیل نویسنده	am60@sanger.ac.uk
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/anospp-analysis/
مجوز	MIT

# anospp-analysis Python package for ANOSPP data analysis ANOSPP is the multiplexed amplicon sequencing assay for Anopheles mosquito species identification and Plasmodium detection. This repository contains the code for analysis of the sequencing results pre-processed with [nf-core ampliseq](https://nf-co.re/ampliseq) pipeline. ## Usage Key analysis steps are implemented as standalone scripts: - `anospp-prep` takes DADA2 output files and targets primer sequences, demultiplexes the amplicons and yields haplotypes table - `anospp-qc` takes haplotypes table, DADA2 stats table and samples manifest and produces QC plots ## Development ### Setup Installation is hybrid with conda + poetry: ``` git clone git@github.com:malariagen/anospp-analysis.git cd anospp-analysis mamba env create -f environment.yml conda activate anospp_analysis poetry install ``` Activate development environment: ``` poetry shell ``` ### Usage & testing The code in this repository can be accessed via wrapper scripts: ``` anospp-qc \ --haplotypes test_data/haplotypes.tsv \ --samples test_data/samples.csv \ --stats test_data/stats.tsv \ --outdir test_data/qc ``` Besides, individual components are available as a python API: ``` $ python >>> from anospp_analysis.util import * >>> PLASM_TARGETS ['P1', 'P2'] ``` Automated testing & CI ### Adding Python deps Introducing python dependencies should be done via poetry: ``` poetry add package_name ``` This should update both `pyproject.toml` and `poetry.lock` files If the package should be used in development environment only, use ``` poetry add package_name --dev ``` ### Adding non-Python deps Introducing non-python dependencies should be done via conda: edit `environment.yml`, then re-create the conda environment and poetry deps: ``` mamba env create -f environment.yml conda activate anospp_analysis poetry install ``` Changes in conda environment might also introduce changes to the python installation, in which case one should update poetry lock file ``` poetry lock ``` ## Release checklist While in dev branch - test functionality (TODO CI) - bump version in `pyproject.toml` Then - merge into master - github release - pypi release Conda recipe update `conda.recipe/meta.yaml`: - check deps vs `environment.yaml` and `pyproject.toml` - bump version - update sha256 from pypi project (download files > tar.gz > view hashes) - test conda recipe with `bioconda-utils build --git-range master` vs bioconda-recipes

نیازمندی

مقدار	نام
-	pandas
-	numpy
-	seaborn
-	BioPython
-	cutadapt

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.10,<4.0	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl anospp-analysis-0.1.3:

pip install anospp-analysis-0.1.3.whl

نصب پکیج tar.gz anospp-analysis-0.1.3:

pip install anospp-analysis-0.1.3.tar.gz