معرفی شرکت ها

annovar-tools-0.0.2

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.0.2
0.0.1
0.0.2
0.0.1

توضیحات

tools for ANNOVAR
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل annovar-tools-0.0.2
نام annovar-tools
نسخه کتابخانه 0.0.2
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Ying Zhu
ایمیل نویسنده win19890412@163.com
آدرس صفحه اصلی -
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/annovar-tools/
مجوز -
# ANNOVAR tools 该包是配合[ANNOVAR](https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/) 对相关文件进行处理的工具集 ## vcf > 将ANNOVAR输入文件,AVinput文件转换为VCF4.0格式 - -i/--avinput: 输入文件,AVinput格式 - -r/--reference: 参考基因组文件如hg19.fa,请事先使用samtools faidex构建索引 - -o/--vcf: 输出的VCF文件 ```shell zhuy@ubuntu:/projects/example$ annovar_tools.py vcf -i test.avinput -r hg19.fa -o test.vcf ``` ## split > 将ANNOVAR注释结果按照Gene拆分为多行，一次只能拆分一种gene-based数据库 - -i/--avoutput: 输入文件,ANNVOAR注释结果，如test.hg19_multianno.txt - -r/--refgenes: 运行ANNOVAR所用的注释refGene文件，如hg19_ensGene.txt,hg19_knownGene.txt,hg19_refGeneWithVer.txt - -g/gene_db: 所需拆分的gene-based数据库, 如refGeneWithVer,即ANNVOAR g参数对应的数据库名称,在ANNOVAR结果中体现为"Func.refGeneWithVer, Gene.refGeneWithVer, GeneDetail.refGeneWithVer, ExonicFunc.refGeneWithVer, AAChange.refGeneWithVer" - -o/--outfile: 输出的拆分后的文件 ```shell zhuy@ubuntu:/projects/example$ annovar_tools.py split \ -i test.hg19_multianno.txt \ -r hg19_refGeneWithVer.txt \ -r hg19_ensGene.txt \ -r hg19_knownGene.txt \ -g refGeneWithVer -o test.hg19_multianno.refGeneWithVer.txt ```


نیازمندی

مقدار نام
- pysam


نحوه نصب


نصب پکیج whl annovar-tools-0.0.2:

    pip install annovar-tools-0.0.2.whl


نصب پکیج tar.gz annovar-tools-0.0.2:

    pip install annovar-tools-0.0.2.tar.gz