معرفی شرکت ها
annopro-0.1rc2
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A simple python package for annotating protein sequences
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | annopro-0.1rc2 |
| نام | annopro |
| نسخه کتابخانه | 0.1rc2 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | - |
| ایمیل نویسنده | "Zheng.L.Y" <zhenglingyan@zju.edu.cn>, "Zhang.H.N" <zhang.h.n@foxmail.com> |
| آدرس صفحه اصلی | - |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/annopro/ |
| مجوز | MIT |
# AnnoPRO
## AnnoPRO generation
* step 1: input proteins sequeces
* step 2: features extraction by Profeat
* step 3: Feature pairwise distance calculation --> cosine, correlation, jaccard
* Step4: Feature 2D embedding --> umap, tsne, mds
* Step5: Feature grid arrangement --> grid, scatter
* Step5: Transform --> minmax, standard
## AnnoPRO architecture
* Encoding layers: Protein features was learned by CNNs and Protein similarity was learned by FCs.
* Decoding layers: LSTMs
## Installation
1. install compilers
dependency `lapjv` requires `g++` or other Cpp compiler, and annopro contains fortran extensional module and require `gfortran` or other fortran compiler. Here is an example of installing them on Ubuntu.
```bash
sudo apt install gcc g++ gfortran
# or you can install by conda in your virtual env
# command name is like
# gcc: x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc
# g++: x86_64-conda_cos6-linux-gnu-c++
# gfortran: x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gfortran
conda install gcc_linux-64 gxx_linux-64 gfortran_linux-64
```
2. install annopro
You can install it directly by `pip install annopro` or install from source code as following steps.
But you should install numpy first if you install it from source code because we need `numpy.f2py` to help us build fortran extension submodule.
```bash
git clone https://github.com/idrblab/AnnoPRO.git
cd AnnoPRO
conda create -n annopro python=3.8
conda activate annopro
pip install .
```
## Usage
- Use it as a terminal command. For all parameters, type `annopro -h`.
```bash
annopro -i test_proteins.fasta -o output
```
- Use it as a python executable package
```bash
python -m annopro -i test_proteins.fasta -o output
```
- Use it as a library to integrated with your project.
```python
from annopro import main
main("test_proteins.fasta", "output")
```
The result is displayed in the `./output/bp(cc,mf)_result.csv`.
**Notice**: if you use annopro for the first time, annopro will
automatically download required resources when they are used
(lazy download mechanism)
## Possible problems
1. pip is looking at multiple versions of XXX to determine which version is compatible with other requirements. this could take a while.
Your pip is latest, back to old version such as 20.2, or just add `--use-deprecated=legacy-resolver` param.
2. Argument mismatch when building source code.
Because your gfortran is latest and imcompatible,
edit setup.py and uncomment `-fallow-argument-mismatch` or
just use a earlier version of gfortran such as 4.8.5, 8.4
## Contact
If any questions, please create an [issue](https://github.com/idrblab/AnnoPRO/issues/new/choose) on this repo, we will deal with it as soon as possible.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=0.38.1 | llvmlite |
| <=1.19.5 | numpy |
| <=1.4.8,>=1.2.4 | pandas |
| >=1.0.2 | scikit-learn |
| <=1.9.5,>=1.4.1 | scipy |
| <=2.6.5,>=2.5.0 | tensorflow |
| >=3.1.0 | threadpoolctl |
| >=2.3.2 | fasta |
| - | wget |
| >=0.0.2rc2 | diamond4py |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.8 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl annopro-0.1rc2:
pip install annopro-0.1rc2.whl
نصب پکیج tar.gz annopro-0.1rc2:
pip install annopro-0.1rc2.tar.gz