معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

ann_nmf - AnnData wrapper of the ARD-NMF module from SignatureAnalyzer

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	ann-nmf-0.0.1
نام	ann-nmf
نسخه کتابخانه	0.0.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Michael E. Vinyard - Harvard University - Massachussetts General Hospital - Broad Institute of MIT and Harvard
ایمیل نویسنده	mvinyard@broadinstitute.org
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/mvinyard/ann_nmf
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/ann-nmf/
مجوز	MIT

# ![ann_nmf.logo](docs/imgs/ann_nmf.logo.svg) [![PyPI pyversions](https://img.shields.io/pypi/pyversions/ann_nmf.svg)](https://pypi.python.org/pypi/ann_nmf/) [![PyPI version](https://badge.fury.io/py/ann_nmf.svg)](https://badge.fury.io/py/ann_nmf) [![Code style: black](https://img.shields.io/badge/code%20style-black-000000.svg)](https://github.com/psf/black) AnnData wrapper of the [**ARD-NMF module**](https://github.com/broadinstitute/SignatureAnalyzer-GPU/blob/master/ARD_NMF.py) from [**SignatureAnalyzer-GPU**](https://github.com/broadinstitute/SignatureAnalyzer-GPU). ## Installation Install using [pip](https://pypi.org/project/ann-nmf/) ```BASH pip install ann_nmf ``` Alternatively, install the development version: ```BASH git clone https://github.com/mvinyard/ann_nmf.git; cd ann_nmf; pip install -e . ``` ## API overview #### Import libraries and get some data ```python import ann_nmf import scanpy as sc adata = sc.datasets.pbmc3k() ann_nmf.ut.preprocess_raw_counts(adata) ``` #### Key class: ```python nmf = ann_nmf.NMF(adata, outdir="nmf_results/pbmc3k") # saves .h5 file nmf.run(n_runs=10, K0=20, max_iter=2000) ``` #### SignatureAnalyzer visualization: ```python nmf.cluster() nmf.signatures() ``` ## Conceptual background and foundational work * ARD-NMF theory [Arxiv](https://arxiv.org/pdf/1111.6085.pdf) * SignatureAnalyzer ([GitHub](https://github.com/getzlab/getzlab-SignatureAnalyzer)) * SignatureAnalyzer-GPU ([GitHub](https://github.com/broadinstitute/SignatureAnalyzer-GPU)) ## Acknowledgements * Most of the code to wrap SignatureAnalyzer in an AnnData-friendly API was borrowed directly (and shamelessly) from Shankara Anand ([@shankara-a](https://github.com/shankara-a)) with only slight refactoring for more flexibility with fewer dependencies on install.

نیازمندی

مقدار	نام
>=0.7.8	anndata
>=3.5.1	matplotlib
>=1.8.2	scanpy
>=0.0.7	signatureanalyzer
>=1.3.5	pandas
>=0.0.4	pydk
>=0.0.43	vinplots

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>3.6.0	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl ann-nmf-0.0.1:

pip install ann-nmf-0.0.1.whl

نصب پکیج tar.gz ann-nmf-0.0.1:

pip install ann-nmf-0.0.1.tar.gz