معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

implementation of scANANSE for scanpy objects in Python

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	anansescanpy-1.0.0
نام	anansescanpy
نسخه کتابخانه	1.0.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	J Arts (Arts-of-coding)
ایمیل نویسنده	julian.armando.arts@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/Arts-of-coding/AnanseScanpy
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/anansescanpy/
مجوز	apache 2.0

## `AnanseScanpy` package: implementation of scANANSE for Scanpy objects in Python [![Anaconda-Server Badge](https://anaconda.org/bioconda/anansescanpy/badges/version.svg)](https://anaconda.org/bioconda/anansescanpy) [![PyPI version](https://badge.fury.io/py/anansescanpy.svg)](https://badge.fury.io/py/anansescanpy) [![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/anansescanpy/README.html) [![Anaconda-Server Badge](https://anaconda.org/bioconda/anansescanpy/badges/downloads.svg)](https://anaconda.org/bioconda/anansescanpy) [![Maintainability](https://api.codeclimate.com/v1/badges/04272eaade7b247b4af2/maintainability)](https://codeclimate.com/github/Arts-of-coding/AnanseScanpy/maintainability) ## Installation The most straightforward way to install the most recent version of AnanseScanpy is via conda using PyPI. ### Install package through Conda If you have not used Bioconda before, first set up the necessary channels (in this order!). You only have to do this once. ``` $ conda config --add channels defaults $ conda config --add channels bioconda $ conda config --add channels conda-forge ``` Then install AnanseScanpy with: ``` $ conda install anansescanpy ``` ### Install package through PyPI ``` $ pip install anansescanpy ``` ### Install package through GitHub ``` $ git clone https://github.com/Arts-of-coding/AnanseScanpy.git $ cd AnanseScanpy $ conda env create -f requirements.yaml $ conda activate AnanseScanpy $ pip install -e . ``` ### Install Jupyter Notebook ``` $ pip install jupyter ``` ## Start using the package ### Run the package either in the console ``` $ python3 ``` ### Or run the package in jupyter notebook ``` $ jupyter notebook ``` ## For extended documentation see our ipynb vignette with PBMC sample data ### Of which the sample data can be downloaded [![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.7446267.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.7446267) ``` $ wget https://zenodo.org/record/7446267/files/rna_PBMC.h5ad -O scANANSE/rna_PBMC.h5ad $ wget https://zenodo.org/record/7446267/files/atac_PBMC.h5ad -O scANANSE/atac_PBMC.h5ad ``` ### installing and running anansnake Follow the instructions its respective github page, https://github.com/vanheeringen-lab/anansnake Next automatically use the generated files to run GRN analysis using your single cell cluster data: ```{bash eval=FALSE} snakemake --use-conda --conda-frontend mamba \ --configfile scANANSE/analysis/config.yaml \ --snakefile scANANSE/anansnake/Snakefile \ --resources mem_mb=48_000 --cores 12 ``` ### Thanks to: * Jos Smits and his Seurat equivalent of this package https://github.com/JGASmits/AnanseSeurat * Siebren Frohlich and his anansnake implementation https://github.com/vanheeringen-lab/anansnake

نیازمندی

مقدار	نام
>=1.9.1,<2.0.0	scanpy
>=0.56.3,<0.57.0	numba
>=1.23.5,<1.24	numpy
>=0.8.0,<0.9.0	anndata
>=1.9.1,<2.0.0	scipy
>=1.4.4,<2.0.0	pandas
>=21.3,<22.0	packaging

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>3.8	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl anansescanpy-1.0.0:

pip install anansescanpy-1.0.0.whl

نصب پکیج tar.gz anansescanpy-1.0.0:

pip install anansescanpy-1.0.0.tar.gz