معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Some functions to count the expected amplifications for genomic regions given a set of primer binding locations for a multiple displacement amplification reaction.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	ampcountpy-0.2.0
نام	ampcountpy
نسخه کتابخانه	0.2.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Scott Sherrill-Mix
ایمیل نویسنده	shescott@upenn.edu
آدرس صفحه اصلی	http://github.com/sherrillmix/ampCountPy
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/ampcountpy/
مجوز	GPL 3

ampCountPy ========== .. image:: https://travis-ci.org/sherrillmix/ampCountPy.svg?branch=master :alt: Travis CI :target: https://travis-ci.org/sherrillmix/ampCountPy .. image:: https://codecov.io/github/sherrillmix/ampCountPy/coverage.svg?branch=master :alt: Codecov :target: https://codecov.io/github/sherrillmix/ampCountPy?branch=master .. image:: https://badge.fury.io/py/ampcountpy.svg :alt: PyPi version :target: https://badge.fury.io/py/ampcountpy Some python functions to count the expected amplifications for genomic regions given a set of primer binding locations for a `multiple displacement amplification <http://en.wikipedia.org/wiki/Multiple_displacement_amplification>`_ reaction. See `ampCountR <https://github.com/sherrillmix/ampCountR>`_ for more details. Installation ------------ Easy install ~~~~~~~~~~~~ The easy way to install is to just do:: pip install ampcountpy Github ~~~~~~ To install the development version from github, clone the repository to a local directory using something like:: git clone https://github.com/sherrillmix/ampcountpy.git and run `setup.py` from the resulting directory (the `--user` installs it locally and doesn't require root access):: cd ampcountpy python setup.py install --user python setup.py test Run directly ------------ The module can be called directly using something like:: python -m ampcountpy -f forward.txt -r reverse.txt or:: ampcountpy -f forward.txt -r reverse.txt where `forward.txt` is a text file containing position of primer landing sites on the forward strand and `reverse.txt` is primer landing sites on the reverse strand. By default, amplification predictions are output to out.csv. The full details on options and arguments is available with:: ampcountpy --help Using function in python ------------------------ The main function is `predictAmplifications` which can be used like: .. code:: python from ampcountpy import predictAmplifications forwards=[1,2,3] reverses=[5,6,7] predictions=predictAmplifications(forwards,reverses) where `forwards` are the 5'-most base of primer landing sites on the forward strand and `reverses` are the 3'-most base of primers landing on the reverse strand. Changelog --------- 0.2.0 (2015-12-08) * Count non-overlapping primers correctly 0.1.3 (2015-11-02) * Fix header 0.1.2 (2015-11-02) * Fix changelog formatting 0.1.1 (2015-11-02) * Pip install instructions 0.1.0 (2015-11-02) * Initial public release

نحوه نصب

نصب پکیج whl ampcountpy-0.2.0:

pip install ampcountpy-0.2.0.whl

نصب پکیج tar.gz ampcountpy-0.2.0:

pip install ampcountpy-0.2.0.tar.gz