معرفی شرکت ها

alpha-viewer-0.1.5

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.1.5
0.1.0
0.0.3
0.1.5
0.1.0
0.0.3

توضیحات

Alphafold Protein model viewer
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل alpha-viewer-0.1.5
نام alpha-viewer
نسخه کتابخانه 0.1.5
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Severin Dicks
ایمیل نویسنده -
آدرس صفحه اصلی -
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/alpha-viewer/
مجوز -
# alpha_viewer Class to view Alphafold models alpha_viewer is based on the alphafold2 colab notebook visualization. It automatically chooses the best available prediction. alpha_viewer includes functions to plot PAE (`plot_pae`) and pLDDT (`plot_pLDDT`). It also allows for coloring of the py3Dmol view based on pLDDT with `show_confidence`. alpha_viewer contains `.obs`, a pandas data-frame, that can be used for custom annotations based on aa postion within the chain(s). You can use a key of `.obs` to color the py3Dmol view of your protein(s) based that annotation with `show_annotation`. This can also be used to inspect substructures with `show_substructures`. alpha-viewer has been tested to work with `monomer`, `monomer_ptm` and `multimer` models. So far it's sadly not possible to save the py3Dmol view for exporting. If you use alpha_viewer in your publication please cite: <a href="https://doi.org/10.5281/zenodo.6548465"><img src="https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.6548465.svg" alt="DOI"></a> ------- ### Install you can install this repository from pypi with:\ `pip install alpha-viewer` It's recommended to use alpha_viewer within jupyterlab. Please enable jupyterlab extensions and install `jupyter-widgets/jupyterlab-manager` and `jupyterlab_3dmol` A tutorial notebook can be found in `https://github.com/Intron7/alpha_viewer/tree/main/tutorials`


نیازمندی

مقدار نام
- numpy>=1.9.0
- pandas>=1.3.0
- py3Dmol>=1.8.0
- ipywidgets>=7.5.0
- matplotlib>=3.5.0


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.8 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl alpha-viewer-0.1.5:

    pip install alpha-viewer-0.1.5.whl


نصب پکیج tar.gz alpha-viewer-0.1.5:

    pip install alpha-viewer-0.1.5.tar.gz