معرفی شرکت ها
alnvu-0.3.3
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Reformat and condense multiple sequence alignments to highlight variability
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | alnvu-0.3.3 |
| نام | alnvu |
| نسخه کتابخانه | 0.3.3 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Noah Hoffman |
| ایمیل نویسنده | noah.hoffman@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | http://github.com/nhoffman/alnvu |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/alnvu/ |
| مجوز | - |
=======
alnvu
=======
``alnvu`` makes a multiple alignment of biological sequences more
easily readable by condensing it and highlighting variability.
Produces formatted multiple alignments in plain text, html, and pdf.
.. image:: https://travis-ci.org/nhoffman/alnvu.svg?branch=master
:target: https://travis-ci.org/nhoffman/alnvu
authors
=======
* Noah Hoffman
* Chris Small
* Connor McCoy
* Tim Holland
dependencies
============
Required:
* Python 2.7, 3.5+
* ``fastalite`` (https://github.com/nhoffman/fastalite)
Optional:
* ``reportlab`` (http://www.reportlab.com/software/opensource/) for pdf output.
* ``biopython`` (http://biopython.org/) to sort alignments in tree order.
* ``Jinja2`` (http://jinja.pocoo.org/) for rendering html templates.
installation
============
Installation is easiest using ``pip``::
pip install alnvu
To install from the sources on GitHub, first clone the repository.
Using ``setup.py``::
cd alnvu
python setup.py install
Using ``pip``::
cd alnvu
pip install .
examples
========
% cd alnvu
The default output. Note that columns are numbered (column 8 is the first shown, column 122 is the last)::
% ./av -w 80 testfiles/aln.fasta | head -n 15
# 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
# 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
# 00111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888
# 89012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567
59735 agagtttgatcctggctcaggacgaacgcTGGCGGCgtGCTTAACACATGCAAGTCGAACGaTgAAgcggtGCTTgcacc
70875 --------------------------------------------------------------------------------
58095 agagtttgatcctggctcagagcgaacgcTGGCGGCatGCTTAACACATGCAAGTCGcACGGgtggtttcgGCcatc---
70854 -----------------------------TGGCGGCagGCcTAACACATGCAAGTCGAgCGGatgAcgggAGCTTgctcc
62024 agagtttgatcctggctcaggacgaacgcTGGCGGCgtGCTTAACACATGCAAGTCGAACGaTgAAgcctttCggggtgg
59895 ---------------------------------------------------AAGTCGAACGGTgAAagagAGCTTagctc
57728 -----------------------------------------------------------tt-------------------
10734 ---------------------------gcTGaCGGCgtGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGgatccattAGCgcttttg
71041 --------------------------cgcTGGCGGCagGCTTAACACATGCAAGTCGAACGaTgAAgtctAGCTTgctag
6161O -----------------------------TGGCGGt-gGCcTAACACATGCAAGTCGAACGGatccttcggGaTT-----
The input file can be provided via stdin::
% cat testfiles/aln.fasta | av
Exercising some of the options (show sequence numbers and a consensus; show differences with first sequence, restrict to columns 200-280)::
% av testfiles/aln.fasta --number-sequences --consensus --range 200,280 --compare-to 59735
# 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
# 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
# 000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778
# 012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1 ==REF==> 59735 TGGGGtG-TTGGTgGAAAGCgttatgga------------GTGGTTTTAGATGGGCTCACGGCCTATCAGCTTGTTGGTGA
2 70875 gGGt----------GAAAGtGggggaccgcaaggcctc--acGcagcagGAgcGGCcgAtGtCtgATtAGCTaGTTGGTGg
3 58095 gGcc----------cAAAGCcgaAaG--------------GcGccTTTgGAgcGGCctgCGtCCgATtAGgTaGTTGGTGg
4 70854 gGGa----------GAAAGCaggggaccttcgggcctt--GcGcTaTcAGATGaGCctAgGtCggATtAGCTaGTTGGTGg
5 62024 TGGGa-c-ggGGTtaAAAGCtccg----------------GcGGTgaagGATGaGCcCgCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGg
6 59895 TcttcaG-caGcTGGAAAGaaTT-----------------tcGGTcaggGATGaGCTCgCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGA
7 57728 TcGaG-GaTaGaT-GAAAGgtggcctctacatgtaagctatcacTgaagGAgGGGaTtgCGtCtgATtAGCTaGTTGGaGg
8 10734 TGGGG-t-TgttgGGAAAGgtTTtTt--------------cTGGaTTggGATGGGCTCgCGGCtTATCAGCTTGTTGGTGg
9 71041 gaGa----------GAAAGgGggcTtttagctc-------tcGcTaaTAGATGaGCctAaGtCggATtAGCTaGTTGGTGg
10 6161O gGGG----------GAAAGatTTA----------------tcGccaTTgGAgcGGCcCgCGtCtgATtAGCTaGTTGGTGg
11 CONSENSUS xGGx------x-x-GAAAGxxxxxxx--------------xcGcTxxxgGATGGGCcxgCGtCxgATtAGCTaGTTGGTGg
The above alignment rendered as colored html (thanks @timholl)::
% av testfiles/aln.fasta --number-sequences --consensus --range 200,280 --compare-to 59735 -q --html aln.html
.. image:: https://github.com/nhoffman/alnvu/raw/master/doc/html.png
Write a single-page pdf file::
% av testfiles/aln.fasta --pdf test.pdf --quiet --blocks-per-page=5
And do you know about ``seqmagick``? If not, run, don't walk to
https://github.com/fhcrc/seqmagick and check it out, so that you can
do this::
% seqmagick convert testfiles/ae_like.sto --output-format=fasta - | av -cx
# 000000000000000000000000000000000
# 445555555555566666666666666667777
# 990111111155813445566778888991122
# 791123678914209568907050235891215
GA05AQR01D2ULR ...............TTGGT.GT..AG...A..
GA05AQR01DFGSE ........................T.TAAGT..
GA05AQR01CI0QB ...........A.....................
GA05AQR01DW22X .TC..G.T.T.......................
GA05AQR01A5WF4 ....................A........-T..
GA05AQR01BUV2U ---..............................
GA05AQR01B1R8I .............T...............CT..
GA05AQR02JASPX ........A........................
GCX02B001AYSTJ .............................-TA.
GCX02B001DP9EQ ............A..........CA.......T
GCX02B001AFAY1 ..............G..................
GCX02B002J489C ...-......A......................
GLKT0ZE01EDLCP AT...ATT.T.......................
GLKT0ZE02I8LRD ---GA............................
-ref-> CONSENSUS TCTAGCGCGCGGGGACGAACGAGGCGCGCTGGA
نحوه نصب
نصب پکیج whl alnvu-0.3.3:
pip install alnvu-0.3.3.whl
نصب پکیج tar.gz alnvu-0.3.3:
pip install alnvu-0.3.3.tar.gz