معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Quickly read and manipulate multiple sequence alignments in Python

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	alignmentrs-0.9.0
نام	alignmentrs
نسخه کتابخانه	0.9.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Kent Kawashima
ایمیل نویسنده	kentkawashima@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/kentwait/alignmentrs
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/alignmentrs/
مجوز	-

# alignmentrs Quickly read and manipulate multiple sequence alignments in Python ## Installation pip install alignmentrs ## Quickstart ### Import alignment into Python ```python >>> import alignmentrs as rs >>> aln = rs.Alignment.from_fasta('hiv.fna', 'HIV_alignment') >>> aln Alignment(nsamples=10, nsites=120, nmarkers=0) >>> aln.sample_ids ['sample01', 'sample02', 'sample03', 'sample04', 'sample05', 'sample06' 'sample07', 'sample08', 'sample09', 'sample10'] ``` ### Select sites to remove from the alignment ```python >>> sites_to_remove = [i for i in range(120) if (i-2) % 3 != 0] # remove 1st and 2nd position in codon triplet >>> aln.remove_sites(sites_to_remove, copy=False) # manipulate inplace, copy=True returns a new copy Alignment(nsamples=10, nsites=40, nmarkers=0) ``` ### Select sites to retain in the alignment ```python >>> sites_to_retain = list(range(2, 3, 120)) # third position in codon triplet >>> aln.retain_sites(sites_to_retain, copy=False) # manipulate inplace, copy=True returns a new copy Alignment(nsamples=10, nsites=40, nmarkers=0) ``` ### Get a subset of samples and sites ```python >>> sub_aln = aln.subset(samples=['sample01', 'sample03', 'sample05'], sites=list(range(2, 3, 120))) >>> sub_aln Alignment(nsamples=3, nsites=40, nmarkers=0) ``` ## License [MIT License](https://github.com/kentwait/alignmentrs/blob/master/LICENSE)

نیازمندی

مقدار	نام
-	numpy

نحوه نصب

نصب پکیج whl alignmentrs-0.9.0:

pip install alignmentrs-0.9.0.whl

نصب پکیج tar.gz alignmentrs-0.9.0:

pip install alignmentrs-0.9.0.tar.gz