معرفی شرکت ها
alifedata-phyloinformatics-convert-0.9.0
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
alifedata-phyloinformatics-convert helps apply traditional phyloinformatics software to alife standardized data
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | alifedata-phyloinformatics-convert-0.9.0 |
| نام | alifedata-phyloinformatics-convert |
| نسخه کتابخانه | 0.9.0 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Matthew Andres Moreno |
| ایمیل نویسنده | m.more500@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/mmore500/alifedata-phyloinformatics-convert |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/alifedata-phyloinformatics-convert/ |
| مجوز | MIT license |
==================================
alifedata-phyloinformatics-convert
==================================
.. image:: https://img.shields.io/pypi/v/alifedata-phyloinformatics-convert.svg
:target: https://pypi.python.org/pypi/alifedata-phyloinformatics-convert
.. image:: https://img.shields.io/travis/mmore500/alifedata-phyloinformatics-convert.svg
:target: https://travis-ci.com/mmore500/alifedata-phyloinformatics-convert
.. image:: https://readthedocs.org/projects/alifedata-phyloinformatics-convert/badge/?version=latest
:target: https://alifedata-phyloinformatics-convert.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest
:alt: Documentation Status
alifedata-phyloinformatics-convert helps apply traditional phyloinformatics software to alife standardized data
* Free software: MIT license
* Documentation: https://alifedata-phyloinformatics-convert.readthedocs.io.
Built using the :code:`dendropy` library.
Use it as a command line tool to convert to alife standard phylogenetics data
.. code-block::
Usage: alifedata-phyloinformatics-convert toalifedata [OPTIONS]
convert standard alife phylogeny data to phloinformatics format
Options:
--input-file FILENAME phyloinformatics data file path; default stdin
--input-schema TEXT phyloinformatics data format schema; options include
newick, nexml, and nexus [required]
--output-file FILENAME alife data file path; default stdout
--output-format TEXT alife data file format; default csv
--help Show this message and exit.
Use it as a command line tool to convert from alife standard phylogenetics data
.. code-block::
Usage: alifedata-phyloinformatics-convert fromalifedata [OPTIONS]
convert phloinformatics data to standard alife phylogeny format
Options:
--input-file FILENAME alife data file path; default stdin
--input-format TEXT alife data file format; default csv
--output-file FILENAME phyloinformatics data file path; default stdout
--output-schema TEXT phyloinformatics data format schema; options include
newick, nexml, and nexus [required]
--help Show this message and exit.
Use it as a Python module
.. code-block:: python3
import alifedata_phyloinformatics_convert as apc
alife_df = pd.read_csv('alifedata.csv')
# get a dendropy Tree from alife-standardized phylogeny pandas dataframe
dendropy_tree = apc.alife_dataframe_to_dendropy_tree(alife_df)
# get a alife-standardized phylogeny pandas dataframe from a dendropy Tree
reconverted_alife_df = apc.dendropy_tree_to_alife_dataframe(dendropy_tree)
# get a biopython Tree from alife-standardized phylogeny pandas dataframe
biopython_tree = apc.alife_dataframe_to_biopython_tree(alife_df)
# get a alife-standardized phylogeny pandas dataframe from a biopython Tree
reconverted_alife_df = apc.dendropy_tree_to_alife_dataframe(biopython_tree)
# get a networkx DiGraph from alife-standardized phylogeny pandas dataframe
networkx_digraph = apc.alife_dataframe_to_networkx_digraph(alife_df)
# get adjacency lists from alife-standardized phylogeny pandas dataframe
adjjacency_lists = apc.alife_dataframe_to_dict_of_lists(alife_df)
Install from PyPi
.. code-block:: bash
pip3 install alifedata-phyloinformatics-convert
Credits
-------
This package was created with Cookiecutter_ and the `audreyr/cookiecutter-pypackage`_ project template.
.. _Cookiecutter: https://github.com/audreyr/cookiecutter
.. _`audreyr/cookiecutter-pypackage`: https://github.com/audreyr/cookiecutter-pypackage
=======
History
=======
0.0.0 (2022-03-22)
------------------
* First release on PyPI.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=2.8.0 | anytree |
| >=1.79 | biopython |
| >=7.0 | click |
| >=4.5.2 | dendropy |
| >=0.4.0 | iterpop |
| >=0.3.2 | lyncs-utils |
| >=0.1.1 | nanto |
| >=2.5 | networkx |
| >=1.21.5 | numpy |
| >=0.1.0 | opytional |
| >=1.1.0 | pandas |
| >=2.4.0 | sortedcontainers |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.6 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl alifedata-phyloinformatics-convert-0.9.0:
pip install alifedata-phyloinformatics-convert-0.9.0.whl
نصب پکیج tar.gz alifedata-phyloinformatics-convert-0.9.0:
pip install alifedata-phyloinformatics-convert-0.9.0.tar.gz