معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A variant annotation package

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	aiv-0.4.3
نام	aiv
نسخه کتابخانه	0.4.3
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	tardis
ایمیل نویسنده	nesegunes.ce@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/nesegunes/aiv
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/aiv/
مجوز	-

[![PyPI](https://img.shields.io/pypi/v/aiv)](https://pypi.org/project/aiv/) [![GitHub](https://img.shields.io/github/license/nesegunes/aiv)](https://pypi.org/project/aiv/) [![PyPI - Python Version](https://img.shields.io/pypi/pyversions/aiv)](https://pypi.org/project/aiv/) [![PyPI - Format](https://img.shields.io/pypi/format/aiv)](https://pypi.org/project/aiv/) ## AIV: Annotation of Identified Variants Annotation of Identified Variants to Create Reports for Clinicians to Assist Therapeutic Decisions ## Prerequisites It requires three main modules: pandas, myvariant and reportlab ``` pip install pandas pip install myvariant pip install reportlab ``` ## Installation ``` pip install aiv ``` ## Upgrade ``` pip install aiv --upgrade ``` ## Usage ```javascript import aiv # Get variant info aiv.getvariant('chr1', 69635, 'G', 'C') # Annotate variants, reference genome: hg38 aiv.annotate_mutations('variant_calls.tsv', assembly='hg38') # Annotate variants, reference genome: hg19 aiv.annotate_mutations('bwa_mutect2_nb09_50_lines.txt', assembly='hg19') ``` ## Tests You can test your installation with sample variant call files. Input test files can be found at: ``` ./tests/test_annotate_variants.tsv ./tests/bwa_mutect2_nb09_50_lines.txt ./tests/my_data.txt ``` ## Input File Format ![Input file](https://github.com/nesegunes/aiv/blob/master/images/input.png?raw=true) ## Report Preview ![Output file](https://github.com/nesegunes/aiv/blob/master/output/test_annotate_variants_AIV_Report-01.png?raw=true) ## Future Work - Performance can be determined by calculating the running time for a given input file with 6000+ mutations.

نیازمندی

مقدار	نام
-	myvariant
-	pandas
-	reportlab

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl aiv-0.4.3:

pip install aiv-0.4.3.whl

نصب پکیج tar.gz aiv-0.4.3:

pip install aiv-0.4.3.tar.gz