معرفی شرکت ها

aimhii-0.5.5

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.5.5
0.5.4
0.5.3
0.5.2
0.5.1
0.5.0
0.5.5
0.5.4
0.5.3
0.5.2
0.5.1
0.5.0

توضیحات

A pipeline for mapping insertion mutants from whole genome shotgun data
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل aimhii-0.5.5
نام aimhii
نسخه کتابخانه 0.5.5
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Josh Granek
ایمیل نویسنده joshua.granek@duke.edu
آدرس صفحه اصلی https://github.com/granek/aimhii/
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/aimhii/
مجوز The MIT License (MIT)
AIMHII ======================= This package provides software for identifying the genome insertion points random mutants generated by insertional mutagenesis, which have been sequenced as a pool. The package will install two executables: aimhii and extract_chimeras. aimhii will run a full analysis starting from sequence data (a FASTQ file), genome sequence, and insert sequence. extract_chimeras just runs the last step of this analysis, assuming you already have a BAM file and a concatenated genome-insert sequence. For details see the project website https://github.com/granek/aimhii/ Changes in v0.5.5: Added filter_bam.filter_chimeric_reads to pipeline extract only putative junction reads from BWA output. Shifted to hosting on github. Changes in v0.5.4: Added --plot option to aimhii and shifted a few remaining "prints" to logging Changes in v0.5.3: Shifted debugging prints to logging and added scripts for generating synthetic sequences Changes in v0.5.2: Lowered pysam version requirement to allow installation using apt-get in Debian v8. Changes in v0.5.1: Fixed problem with missing DESCRIPTION.rst.


نیازمندی

مقدار نام
>=1.8.1 numpy
>=1.64 biopython
>=1.3.1 matplotlib
>=0.9.0 pysam
>=0.6.1 HTSeq


نحوه نصب


نصب پکیج whl aimhii-0.5.5:

    pip install aimhii-0.5.5.whl


نصب پکیج tar.gz aimhii-0.5.5:

    pip install aimhii-0.5.5.tar.gz