معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

eQTL analysis using region-based aggregation of rare variants.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	aeqtl-0.1.0
نام	aeqtl
نسخه کتابخانه	0.1.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Guanlan Dong
ایمیل نویسنده	guanlan.dong@wustl.edu
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/Huang-lab/AeQTL
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/aeqtl/
مجوز	-

# AeQTL eQTL analysis using region-based aggregation of rare variants. ## Requirements - python 3.5 - pip - bx_interval_tree (see installation instructions below) - git (optional) ## Installation First, install IntervalTree from bx-python. We strongly recommend using a standalone package called *bx_interval_tree* which is smaller and easier to compile than bx-python. ``` git clone https://github.com/ccwang002/bx_interval_tree cd bx_interval_tree python setup.py install cd .. ``` Continue to install AeQTL by choosing one of the options below. #### (1) From PyPI The easiest way to install AeQTL is from PyPI. pip install aeqtl #### (2) From source code Alternatively, download the source code of AeQTL git clone https://github.com/Huang-lab/AeQTL Then install AeQTL cd AeQTL pip install . #### Optional (but recommended) Append the path to AeQTL to your PATH environment variable export PATH=/path/to/AeQTL/bin:$PATH ## Run aeqtl -v <vcf file> -b <bed file> -e <expression file> \ -cn <numerical covariates> -cc <categorical covariates> -s <covariate file> \ -o <output directory> ## Input data format *Note: demo input files with compatible format can be found in the "demo" folder* #### VCF file A standard multi-sample VCF file with file extension .vcf (or .vcf.gz). Sample IDs in VCF file, expression file, and covariate file should match exactly. #### BED file A BED file (tab separated) with at least four columns and without header. The format of the file should follow: <chromosome> <start> <end> <region_name> <tested_genes> An example row: chr17 41197693 41197821 BRCA1 BRCA1;SLC25A39;HEXIM2 The first four columns are required. The fifth column is a list of genes separated by ";". If the fifth column (tested_genes) is not provided, AeQTL by default will test each region with every gene from the expression file. #### Expression file A matrix-format, tab separated .tsv file with gene expression from RNA-seq. The first row (header) of the file should follow: gene_id <sample_id_1> <sample_id_2> <sample_id_3> ... and the first column of the file should follow: gene_id <gene_1> <gene_2> ... #### Covariate file A tab separated .tsv file with column names corresponding to covariates. A column of sample IDs with column name "sample_id" is required. Covariates entered in AeQTL and their corresponding column names must match exactly. However, the covariate file can contain other unused columns as well. If entering a categorical covariate, please make sure each category has the same value throughout the file (i.e. avoid instances such as having both "FEMALE" and "female" in the same column). ## Output data format A tab separated .tsv file of summary statistics (up to 5 digits after the decimal point). Each row is an eQTL test between a region and a gene. The file contains the following fields: - region - gene - coef_intercept - coef_genotype - coef_\<covariate> *(for each covariate)* - pvalue_intercept - pvalue_genotype - pvalue_\<covariate> *(for each covariate)*

نیازمندی

مقدار	نام
==0.13	pysam
-	PyVCF
-	Cython
-	statsmodels
-	scipy
-	pandas
-	bx-interval-tree

نحوه نصب

نصب پکیج whl aeqtl-0.1.0:

pip install aeqtl-0.1.0.whl

نصب پکیج tar.gz aeqtl-0.1.0:

pip install aeqtl-0.1.0.tar.gz