معرفی شرکت ها
aegis-sim-2.2
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Numerical model for life history evolution of age-structured populations
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | aegis-sim-2.2 |
| نام | aegis-sim |
| نسخه کتابخانه | 2.2 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Martin Bagic, Dario Valenzano |
| ایمیل نویسنده | martin.bagic@outlook.com, Dario.Valenzano@leibniz-fli.de |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/valenzano-lab/aegis |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/aegis-sim/ |
| مجوز | - |
[](https://badge.fury.io/py/aegis-sim)
[](https://www.python.org/downloads/release/python-360/)
# AEGIS
> Aging of Evolving Genomes In Silico (AY-jis, /eɪd͡ʒɪs/)
Numerical model for life history evolution of age-structured populations under customizable ecological scenarios.
## How to install
We recommend that you install `aegis-sim` from [PyPI](https://pypi.org/project/aegis-sim/) into a [virtual environment](https://docs.python.org/3/library/venv.html).
```bash
$ pip install aegis-sim
```
<details>
<summary>Cheat sheet</summary>
```bash
# Unix/macOS
python3 -m venv aegis-venv
. aegis-venv/bin/activate
python3 -m pip install aegis-sim
```
```bash
# Windows
python -m venv aegis-venv
.\aegis-venv\Scripts\activate
python -m pip install aegis-sim
```
</details>
<details>
<summary>For developers</summary>
```bash
# Unix/macOS
git clone git@github.com:valenzano-lab/aegis.git
cd aegis
make install_dev
```
</details>
To check if installation is successful, run `aegis -h`. If it is, the output will contain `Aging of Evolving Genomes In Silico`; if not, it will say `aegis: command not found`.
## How to run
1. __Create a configuration file__
Before running a custom AEGIS simulation, you must create a configuration file (in [YAML](https://en.wikipedia.org/wiki/YAML) format) which will contain your custom parameter values.
List of modifiable parameters, and all relevant details can be found in the [wiki](https://github.com/valenzano-lab/aegis/wiki/Input).
Default parameter values are set in the file [default.yml](src/aegis/parameters/default.yml).
An example of a YAML file:
```yml
# custom.yml
RANDOM_SEED_: 42
STAGES_PER_SIMULATION_: 10000
MAX_LIFESPAN: 50
```
1. __Start the simulation__
```sh
$ aegis {path/to/file}.yml # In this case, `aegis custom.yml`
```
1. __Inspect the output__
Output files will be created in the `{path/to/file}` directory (in this case, in the `custom` directory) which will have the following structure:
```bash
{path/to/file}/
progress.log
{ecosystem-number}/
output-summary.json
snapshots/
demography/
{stage}.feather
...
genotypes/
{stage}.feather
...
phenotypes/
{stage}.feather
visor/
genotypes.csv
phenotypes.csv
spectra/
age_at_birth.csv
age_at_end_of_sim.csv
age_at_genetic.csv
age_at_overshoot.csv
age_at_season_shift.csv
cumulative_ages.csv
```
Detailed description of the content and format of output files can be found in the [wiki](https://github.com/valenzano-lab/aegis/wiki/Output).
## Related articles
- [An In Silico Model to Simulate the Evolution of Biological Aging (2016)](https://www.biorxiv.org/content/10.1101/037952v1)
- [AEGIS: An In Silico Tool to model Genome Evolution in Age-Structured Populations (2019)](https://www.biorxiv.org/content/10.1101/646877v1)
## Authors
- **Martin Bagić** (v2): [email](martin.bagic@outlook.com), [github](https://github.com/martinbagic)
- **Dario Valenzano** (v1, v2): [github](https://github.com/dvalenzano)
- **Arian Šajina** (v1): [github](https://github.com/ariansajina)
- **William Bradshaw** (v1): [github](https://github.com/willbradshaw)
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | numpy |
| - | pandas |
| - | PyYAML |
| - | pyarrow |
| - | jupyter |
| - | matplotlib |
| ==6.2.4 | pytest |
| - | flake8 |
| - | black |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.6 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl aegis-sim-2.2:
pip install aegis-sim-2.2.whl
نصب پکیج tar.gz aegis-sim-2.2:
pip install aegis-sim-2.2.tar.gz