معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

aCLImatise is a Python library and command-line utility for parsing the help output of a command-line tool and then outputting a description of the tool in a more structured format

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	aclimatise-3.0.1
نام	aclimatise
نسخه کتابخانه	3.0.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	-
ایمیل نویسنده	-
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/aclimatise/
مجوز	GPLv3

aCLImatise *********** |DOI| .. |DOI| image:: https://zenodo.org/badge/DOI/10.1093/bioinformatics/btaa1033.svg :target: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa1033 For the full documentation, refer to the `Github Pages Website <https://aclimatise.github.io/CliHelpParser/>`_. ====================================================================== aCLImatise is a Python library and command-line utility for parsing the help output of a command-line tool and then outputting a description of the tool in a more structured format, for example a `Common Workflow Language tool definition <https://www.commonwl.org/v1.1/CommandLineTool.html>`_. Currently aCLImatise supports both `CWL <https://www.commonwl.org/>`_ and `WDL <https://openwdl.org/>`_ outputs, but other formats will be considered in the future, especially pull requests to support them. Please also refer to `The aCLImatise Base Camp <https://aclimatise.github.io/BaseCamp/>`_, which is a database of pre-computed tool definitions generated by the aCLImatise parser. Most bioinformatics tools have a tool definition already generated in the Base Camp, so you may not need to run aCLImatise directly. aCLImatise is now published in the journal *Bioinformatics*. You can read the application note here: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa1033. To cite aCLImatise, please use the citation generator provided by the journal. Example ------- Lets say you want to create a CWL workflow containing the common Unix ``wc`` (word count) utility. Running ``wc --help`` returns: .. code-block:: Usage: wc [OPTION]... [FILE]... or: wc [OPTION]... --files0-from=F Print newline, word, and byte counts for each FILE, and a total line if more than one FILE is specified. A word is a non-zero-length sequence of characters delimited by white space. With no FILE, or when FILE is -, read standard input. The options below may be used to select which counts are printed, always in the following order: newline, word, character, byte, maximum line length. -c, --bytes print the byte counts -m, --chars print the character counts -l, --lines print the newline counts --files0-from=F read input from the files specified by NUL-terminated names in file F; If F is - then read names from standard input -L, --max-line-length print the maximum display width -w, --words print the word counts --help display this help and exit --version output version information and exit GNU coreutils online help: <http://www.gnu.org/software/coreutils/> Full documentation at: <http://www.gnu.org/software/coreutils/wc> or available locally via: info '(coreutils) wc invocation' If you run ``aclimatise explore wc``, which means "parse the wc command and all subcommands", you'll end up with the following files in your current directory: * ``wc.cwl`` * ``wc.wdl`` * ``wc.yml`` These are representations of the command ``wc`` in 3 different formats. If you look at ``wc.wdl``, you'll see that it contains a WDL-compatible tool definition for ``wc``: .. code-block:: text version 1.0 task Wc { input { Boolean bytes Boolean chars Boolean lines String files__from Boolean max_line_length Boolean words } command <<< wc \ ~{true="--bytes" false="" bytes} \ ~{true="--chars" false="" chars} \ ~{true="--lines" false="" lines} \ ~{if defined(files__from) then ("--files0-from " + '"' + files__from + '"') else ""} \ ~{true="--max-line-length" false="" max_line_length} \ ~{true="--words" false="" words} >>> }

نیازمندی

مقدار	نام
-	pyparsing
-	jinja2
~=3.0	spacy
-	miniwdl
-	wordsegment
-	inflection
==0.3.0	illusional.wdlgen
==0.16.5	ruamel.yaml
-	click
-	cwltool
>=0.4	cwl-utils
-	regex
-	num2words
-	word2number
-	psutil
-	deprecated
-	attrs
>=0.11.2	janis-pipelines.core
-	pytest
-	pre-commit
-	Sphinx
-	sphinx-click
-	pytest-timeout
-	docker

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl aclimatise-3.0.1:

pip install aclimatise-3.0.1.whl

نصب پکیج tar.gz aclimatise-3.0.1:

pip install aclimatise-3.0.1.tar.gz