معرفی شرکت ها

abmap-0.1.0

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.1.0
0.0.89
0.0.80
0.1.0
0.0.89
0.0.80

توضیحات

AbMAP: Antibody Mutagenesis Augmented Processing
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل abmap-0.1.0
نام abmap
نسخه کتابخانه 0.1.0
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Chiho Im, Taylor Sorenson, Abhinav Gupta, Rohit Singh
ایمیل نویسنده Chiho Im <chihoim@mit.edu>, Rohit Singh <rohitsingh@gmail.com>
آدرس صفحه اصلی -
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/abmap/
مجوز -
# AbMAP: Antibody Mutagenesis-Augmented Processing ![image](https://user-images.githubusercontent.com/6614489/235450484-2ad78557-0deb-43fb-ba8d-6fb570c3a052.png) *This repository is a work in progress.* This repository contains code and pre-trained model checkpoints for AbMAP, a Protein Language Model (PLM) customized for antibodies as featured in **Learning the Language of Antibody Hypervariability** ([_Singh, Im et al. 2023_](https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.04.26.538476)). AbMAP leverages information from foundational PLMs as well as antibody structure and function, offering a multi-functional tool useful for predicting structure, functional properties, and analyzing B-cell repertoires. ### Installation AbMAP relies on ANARCI to assign IMGT labels to antibody sequences. Please see the [ANARCI](https://github.com/oxpig/ANARCI/blob/master/INSTALL) repo or run the following in a new conda environment: ```bash conda install -c biocore hmmer # Can also install using `brew/port/apt/yum install hmmer` git clone https://github.com/oxpig/ANARCI.git cd ANARCI python setup.py install ``` Then install abmap using: ```bash pip install abmap # (recommended) latest release from PyPI pip install git+https://github.com/rs239/ablm.git # the live main branch ``` ### Usage: After installation, AbMAP can be easily imported into your python projects or run from the command line. Please see [examples/demo.ipynb](examples/demo.ipynb/) for common use cases. Instructions for running via CLI are below. ## Command Line Usage *Instructions In Progress* ### Augment Given a sequence, generate a foundational PLM embedding augmented with in-silico mutagenesis and CDR isolation. ### Train Given a dataset of labeled pairs of sequences and their augmented embeddings, train the AbMAP model on downstream prediction tasks. ### Embed Given fasta sequences and a pre-trained AbMAP model, generate their AbMAP embeddings (fixed or variable). Please provide feedback on the issues page or by opening a pull request. If AbMAP is useful in your work, please consider citing our [bioRxiv preprint](https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.04.26.538476).


نیازمندی

مقدار نام
- numpy
- scipy
- pandas
>=1.11 torch
- biopython
- matplotlib
- seaborn
- tqdm
- scikit-learn
- h5py
- transformers
- positional-encodings
- dscript


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.7 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl abmap-0.1.0:

    pip install abmap-0.1.0.whl


نصب پکیج tar.gz abmap-0.1.0:

    pip install abmap-0.1.0.tar.gz