معرفی شرکت ها

abba-python-0.1.9

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Aligning Big Brains and Atlases, controlled from Python.
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل abba-python-0.1.9
نام abba-python
نسخه کتابخانه 0.1.9
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Nicolas Chiaruttini
ایمیل نویسنده nicolas.chiaruttini@epfl.ch
آدرس صفحه اصلی https://github.com/nicoKiaru/abba_python
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/abba-python/
مجوز GNU General Public License v3
=========== ABBA Python =========== .. image:: https://img.shields.io/pypi/v/abba_python.svg :target: https://pypi.python.org/pypi/abba_python .. image:: https://img.shields.io/travis/nicoKiaru/abba_python.svg :target: https://travis-ci.com/nicoKiaru/abba_python Aligning Big Brains and Atlases, controlled from Python. * Free software: GNU General Public License v3 * Documentation: https://biop.github.io/ijp-imagetoatlas/ ABBA in short ------------- Aligning Big Brains & Atlases or ABBA for short, allows to register thin serial sections to several atlases, in coronal, sagittal and horizontal orientations. With ABBA Python, you have access to the 3D mouse Allen Brain atlas, and the Waxholm Space Atlas of the Sprague Dawley Rat Brain and all other BrainGlobe (https://docs.brainglobe.info/) atlases. ABBA Python allows to use DeepSlice (https://pypi.org/project/DeepSlice/) for automated registration of mouse coronal sections (rat not implemented yet). To get started with a GUI: - install miniconda - create a conda env with python 3.7 and openjdk 8: conda env create -n myenv python=3.8 openjdk=8 conda activate myenv python >> from abba_python import abba >> abba.start_imagej() You can then use ABBA in Fiji, see https://biop.github.io/ijp-imagetoatlas/ ABBA is typically used in conjunction with QuPath (https://qupath.github.io/): a QuPath project can serve as an input for ABBA, and the registration results can be imported back into QuPath for downstream processing. Credits ------- This package was created with Cookiecutter_ and the `audreyr/cookiecutter-pypackage`_ project template. .. _Cookiecutter: https://github.com/audreyr/cookiecutter .. _`audreyr/cookiecutter-pypackage`: https://github.com/audreyr/cookiecutter-pypackage ======= History ======= 0.1.12 (2023-05-02) ------------------- * First working release on PyPI. 0.1.13 (2023-05-03) ------------------- * Documentation


نیازمندی

مقدار نام
- numpy
- pandas
- pyimagej
- bg-atlasapi
==1.1.2 DeepSlice


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.6 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl abba-python-0.1.9:

    pip install abba-python-0.1.9.whl


نصب پکیج tar.gz abba-python-0.1.9:

    pip install abba-python-0.1.9.tar.gz