معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A python tool for identifying the mapping of genes between two genomes.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	OS Independent
نام فایل	ZeaGeneMap-1.3.1
نام	ZeaGeneMap
نسخه کتابخانه	1.3.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	WenjieWei
ایمیل نویسنده	wjwei9908@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/wjwei-handsome/GeneMap
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/ZeaGeneMap/
مجوز	-

# GeneMap GeneMap, A python tool for identifying the mapping of genes between two genomes by multi evidences. ![Flow chart](https://raw.githubusercontent.com/wjwei-handsome/wwjPic/main/img/20220722001234.png) ## Table of Contents - [Background](#background) - [Install](#install) - [Usage](#usage) - [Badge](#badge) - [Maintainers](#maintainers) - [Contributing](#contributing) - [License](#license) ## Background When we have multiple genomes of the same species (or related species), we usually need to identify the gene mapping relationship between the two genomes(Gene A in genome a, mapped to gene B in genome B). We used four alternative evidence, including: 1. RBH **R**eciprocal **B**est BLAST **H**its > Despite these and other complication, the identification of reciprocal best hits for gene products is a good first approximation to the identification of orthologues in two or more organisms. It forms the basis for many orthology-finding tools, such as MCL, OrthoMCL and OrthoFinder. It can be carried out by carrying out BLAST+ searches using a short program, and this will be illustrated below. 2. ortholog [OrthoFinder](https://github.com/davidemms/OrthoFinder) 3. synteny block [McScanX](<https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)>) 4. crosssmap [minimap](https://github.com/lh3/minimap2) or [AnchorWave](https://github.com/baoxingsong/AnchorWave) ## Install TODO ```sh $ pip3 install GeneMap ``` ## Usage ```sh $ GeneMap.py -l list.txt -d work_dir -q GenomeA -t GenomeB -o output_prefix ``` ## Maintainers [@wjwei-handsome](https://github.com/wjwei-handsome) ## Contributing Feel free to dive in! [Open an issue](https://github.com/wjwei-handsome/GeneMap/issues/new) or submit PRs. Standard Readme follows the [Contributor Covenant](http://contributor-covenant.org/version/1/3/0/) Code of Conduct. ### Contributors Thanks [@songtaogui](https://github.com/songtaogui) for design ideas. ## License [GPL-3.0](LICENSE) © Weiwenjie

نیازمندی

مقدار	نام
-	bx-python
>=1.3.0	pandas
>=0.9.0	pybedtools
-	rich

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl ZeaGeneMap-1.3.1:

pip install ZeaGeneMap-1.3.1.whl

نصب پکیج tar.gz ZeaGeneMap-1.3.1:

pip install ZeaGeneMap-1.3.1.tar.gz