معرفی شرکت ها
UmbrellaIntegrate-0.41
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
The umbrella integration algorithm.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | POSIX :: Linux |
| نام فایل | UmbrellaIntegrate-0.41 |
| نام | UmbrellaIntegrate |
| نسخه کتابخانه | 0.41 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Shirui |
| ایمیل نویسنده | Shirui816@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/shirui816/UmbrellaIntegrate.py |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/UmbrellaIntegrate/ |
| مجوز | MIT |
UmbrellaIntegrate.py
====================
Umbrella Integration[1] algorithm of calculating PMF using Python.
Dependence
----------
- ``Python3``
- ``Numpy``
- ``pandas`` for parsing metafile
- ``Scipy`` for ``trapz`` integration
Usage:
------
See help:
.. code:: bash
python3 ubint.py -h
Input
~~~~~
Metafile
^^^^^^^^
The ``<your-metafile>`` should be in fellowing form:
.. code:: bash
/path/to/your/window/file window_center spring_constant [temperature]
There is a variable of ``T`` in ``ubint.py``, if the ``temperature``
left blank in the metafile, the default temperature would be variable
``T`` in the ``ubint.py``, or you can set specific temperature for some
window.
Data file for each window
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
The data file of each window need to be a 2-column file with
``time reaction_coordinate``, the coordinate should be 1-dimensional.
Output
~~~~~~
The output file is ``free_py.txt`` with 2-column
``reaction_coordinate free_energy``
Warning
-------
Unit
~~~~
I use ``kJ/mol`` in this program.
Spring constant ``K``
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
In your simulation, the biased spring potential shoud be in form of
``0.5 * K * (r - r0) ** 2``, here ``K`` is the parameter set in your
``<your-metafile>``, for some simulation program, there is no ``0.5`` in
the biased spring potential.
Screen shots
------------
Raw data was generated by `Gaussian
distribution <https://en.wikipedia.org/wiki/Normal_distribution>`__ for
each window with ``MEAN=window_center`` and ``STD=0.8``, the centers are
in range of ``0.0 ~ 19.5`` by step of ``0.5``, here is the result
compare with WHAM[2]:
- Raw Data
.. figure:: https://raw.githubusercontent.com/Shirui816/UmbrellaIntegrate.py/master/ScreenShot/DataDetail.png
:alt: Raw Raw
:width: 420
:align: center
.. figure:: https://raw.githubusercontent.com/Shirui816/UmbrellaIntegrate.py/master/ScreenShot/Data.png
:alt: Raw IL
:width: 420
:align: center
- Compare with WHAM
.. figure:: https://raw.githubusercontent.com/Shirui816/UmbrellaIntegrate.py/master/ScreenShot/PMF_UI_WHAM.png
:alt: CMP CMP
:width: 420
:align: center
**The zero point in WHAM is the minimum value and the zero point in UI
is 0.**
TO DO
-----
The UI algorithm with higher oder terms[3] of ``A(xi)`` is
``ubint_ho_devel.py``, the result is not ideal using previous data,
still in development.
**Problems occurred at standard normal distributions, maybe the
quadruplicate term which even possesses a small value could cause a huge
deviation. I should try some systems with non-quadratic potentials.**
**The function ``exp(-beta(a1*xi+a2*xi^2+a3*xi^3+a4*xi^4))`` and its
integration (Normalization factor) give very large value (even inf),
this is unable to solve yet.**
Results
~~~~~~~
.. figure:: https://raw.githubusercontent.com/Shirui816/UmbrellaIntegrate.py/master/ScreenShot/ubint_ho.png
:alt: CMP\_HO CMP\_HO
:width: 420
:align: center
Ref
---
1. Kästner, Johannes, and Walter Thiel. “Bridging the Gap between
Thermodynamic Integration and Umbrella Sampling Provides a Novel
Analysis Method: ‘Umbrella Integration.’” The Journal of Chemical
Physics 123, no. 14 (October 8, 2005): 144104. doi:10.1063/1.2052648.
2. http://membrane.urmc.rochester.edu/content/wham
3. Kästner, Johannes. “Umbrella Integration with Higher-Order Correction
Terms.” The Journal of Chemical Physics 136, no. 23 (June 21, 2012):
234102. doi:10.1063/1.4729373.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | numpy |
| - | scipy |
| - | pandas |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl UmbrellaIntegrate-0.41:
pip install UmbrellaIntegrate-0.41.whl
نصب پکیج tar.gz UmbrellaIntegrate-0.41:
pip install UmbrellaIntegrate-0.41.tar.gz