معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Deconvolution Methods for Digital Cytometry

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	OS Independent
نام فایل	TumorDecon-1.1.1
نام	TumorDecon
نسخه کتابخانه	1.1.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	ShahriyariLab
ایمیل نویسنده	lshahriyari@umass.edu
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/ShahriyariLab/TumorDecon
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/TumorDecon/
مجوز	MIT License

# TumorDecon TumorDecon software includes four deconvolution methods (DeconRNAseq [Gong2013], CIBERSORT [Newman2015], ssGSEA [Şenbabaoğlu2016], Singscore [Foroutan2018]) and several signature matrices of various cell types, including LM22. The input of this software is the gene expression profile of the tumor, and the output is the relative number of each cell type. Users have an option to choose any of the implemented deconvolution methods and included signature matrices or import their own signature matrix to get the results. Additionally, TumorDecon can be used to generate customized signature matrices from single-cell RNA-sequence profiles. In addition to the 3 tutorials provided on GitHub (``tutorial.py``, ``sig_matrix_tutorial.py``, & ``full_tutorial.py``) there is a User Manual available at: https://people.math.umass.edu/~aronow/TumorDecon TumorDecon is available on Github (https://github.com/ShahriyariLab/TumorDecon) and PyPI (https://pypi.org/project/TumorDecon/). To install the software with pip, use both of the following two commands: ``` pip install TumorDecon pip install git+https://github.com/kristyhoran/singscore ``` If you use the package or some parts of codes, please cite: T. Le, R. Aronow, A. Kirshtein, L. Shahriyari, A review of digital cytometry methods: estimating the relative abundance of cell types in a bulk of cells, Briefing in Bioinformatics, 2020.

نیازمندی

مقدار	نام
>0.20.3	scikit-learn
>1.18.2	numpy
>1.0.3	pandas
>2.2.2	matplotlib
>1.2.1	scipy
>=2.23.0	requests
>4.6.0	beautifulsoup4
>=0.70.9	multiprocess
>0.10.0	seaborn
>=3.2	wget
>=0.2.1	combat
>=1.1.0	mpmath
>=0.5.1	patsy
>=0.9.0	statsmodels

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl TumorDecon-1.1.1:

pip install TumorDecon-1.1.1.whl

نصب پکیج tar.gz TumorDecon-1.1.1:

pip install TumorDecon-1.1.1.tar.gz