معرفی شرکت ها
TCRcloud-1.3.0
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
TCRcloud is a TCR repertoire visualization and comparison tool
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | OS Independent |
| نام فایل | TCRcloud-1.3.0 |
| نام | TCRcloud |
| نسخه کتابخانه | 1.3.0 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Eric de Sousa |
| ایمیل نویسنده | eric.desousa@research.fchampalimaud.org |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/oldguyeric/TCRcloud |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/TCRcloud/ |
| مجوز | - |
## TCRcloud is a TCR repertoire visualization and comparison tool
**Instalation**
TCRcloud is written in python and can be installed from PyPI using pip:
pip3 install TCRcloud
Currently it is only compatible with Linux (x86-64) and macOS (x86-64) because one of the dependencies used is also only compatible with those operating systems. It does work on WSL if you want to use Windows.
TCRcloud uses the AIRR Data Commons API and needs AIRR compliant data as input.
TCRcloud was initially developed for TCR repertoires but it is also compatible with BCR repertoires.
**Usage**
**To create a word cloud**
TCRcloud cloud AIRR_rearrangements_file.tsv
By default TCRcloud colours the CDR3 based on the Vgene but you can provide a json file that atributes colours in Hex format to specific sequences:
{
"#FF0000":["CAASITGNQFYF","CAVREDGTSGSARQLTF"],
"#0000FF":["CAVMDSNYQLIW"]
}
The sequences not in the file will be coloured grey.
Only the colours for human TCR and BCR variable genes are coded into TCRcloud.
**To use your custom colours for the word cloud**
TCRcloud cloud AIRR_rearrangements_file.tsv -c colours.json
**To create a word cloud without a legend**
TCRcloud cloud AIRR_rearrangements_file.tsv -l False
**To create a radar plot comparing diversity metrics**
TCRcloud radar AIRR_rearrangements_file.tsv
By default TCRcloud uses repertoire_id but you can create a legend with the text you want by providing a json file:
{
"2839362682105696746-242ac113-0001-012":"Twin 2A",
"2939134772391776746-242ac113-0001-012":"Twin 2B"
}
**To create a radar plot with your desired legend**
TCRcloud radar AIRR_rearrangements_file.tsv -c legend.json
**To create a radar plot without a legend**
TCRcloud radar AIRR_rearrangements_file.tsv -l False
**To export the calculated metrics from the radar to a text file**
TCRcloud radar AIRR_rearrangements_file.tsv -e True
Using TCRcloud you can download rearragements files from the AIRR compliant databases based on AIRR repertoire metadata files
**To download AIRR rearrangements files**
TCRcloud download AIRR_repertoire_file.json
TCRcloud provides some test data to experiment the tool. The data is one twin pair from the monozygotic twins study from the Mark Davis lab (DOI:[ 10.1038/ncomms11112](https://doi.org/10.1038/ncomms11112))
**To download the test data repertoire file**
TCRcloud testdata
After having the testdata.airr.json file you can use the download function included in TCRcloud to get the matching rearragements file.
## Examples:
**TRA CDR3 word cloud**
**TRB CDR3 word cloud**
**TRG CDR3 word cloud**
**TRD CDR3 word cloud**
**Diversity comparison**
Comparing here the αβ repertoire from one twin pair from the monozygotic twins study from the Mark Davis lab (DOI:[ 10.1038/ncomms11112](https://doi.org/10.1038/ncomms11112))
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | airr |
| >=1.9.2 | numpy |
| <=1.8.1,>=1.3.0 | scipy |
| - | matplotlib |
| - | wordcloud |
| - | pandas |
| - | scikit-learn |
| - | scikit-bio |
| - | requests |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.7 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl TCRcloud-1.3.0:
pip install TCRcloud-1.3.0.whl
نصب پکیج tar.gz TCRcloud-1.3.0:
pip install TCRcloud-1.3.0.tar.gz