معرفی شرکت ها

SpliceV-0.2.0.0

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.2.0.0
0.1.7.0
0.1.6.9
0.1.6.8
0.2.0.0
0.1.6.9
0.1.6.8

توضیحات

Visualize splice junctions, backsplice junctions (circleRNA) and coverage from RNA-Seq datasets
ویژگی مقدار
سیستم عامل OS Independent
نام فایل SpliceV-0.2.0.0
نام SpliceV
نسخه کتابخانه 0.2.0.0
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Nathan Ungerleider
ایمیل نویسنده nungerle@tulane.edu
آدرس صفحه اصلی https://github.com/flemingtonlab/SpliceV
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/SpliceV/
مجوز -
# SpliceV # Visualize coverage, canonical, and backsplice junctions. ![Example plot](https://github.com/flemingtonlab/SpliceV/blob/master/etc/example.png) ## Documentation ## See https://splicev.readthedocs.io/en/master/ ## Example pipeline ## See https://github.com/flemingtonlab/SpliceV/blob/master/docs/example.pdf This will generate figure 1B and 1C from our manuscript (DOI pending) ## Requirements ## SpliceV works with Python 2.7 and 3.0+. ## Dependencies ## * Matplotlib * Numpy * pysam ## Installation ## To install SpliceV: ``` pip install SpliceV ``` Or: ``` git clone https://github.com/flemingtonlab/SpliceV.git ``` ## Example ## To run the example dataset: ``` git clone https://github.com/flemingtonlab/SpliceV.git cd SpliceV/example python ../bin/SpliceV -b example.vta1.bam -gtf vta1.gtf -sj example.canonical.bed -bsj example.circles.bed -g VTA1 -f 3 -is 3 ``` The sample data comes from Akata cells (a B Cell Lymphoma line) that were treated with the exonuclease RNase R prior to sequencing. RNase R exclusively digests RNA with a free end, helping enrich circularized RNA abundance in the sample. These example commands will generate the following plot: ![User example plot](https://github.com/flemingtonlab/SpliceV/blob/master/etc/vta1.png) This plot reveals a prominant circle from exon 2 through exon 4 (evidenced by the back-splice junction reads which are plotted as curves below the axis. This is also demonstrated by the higher level of coverage in exon 2-4, shown by the relative intensity of color). ![User example plot explained](https://github.com/flemingtonlab/SpliceV/blob/master/etc/vta1_explained.png) The major circularized isoform (exons 2-4; another less prevalent circle appears to include exon 5) is isolated below: ![User example circle](https://github.com/flemingtonlab/SpliceV/blob/master/etc/vta1_circ.png) ## Authors ## Created by Nathan Ungerleider and Erik Flemington


نیازمندی

مقدار نام
- matplotlib
- numpy
- pysam


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=2.7,>=3 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl SpliceV-0.2.0.0:

    pip install SpliceV-0.2.0.0.whl


نصب پکیج tar.gz SpliceV-0.2.0.0:

    pip install SpliceV-0.2.0.0.tar.gz