معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

SpaDecon: Integrating gene expression and histology information to perform cell type deconvolution on spatial transcriptomics data

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	OS Independent
نام فایل	SpaDecon-1.1.1
نام	SpaDecon
نسخه کتابخانه	1.1.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Kyle Coleman
ایمیل نویسنده	kylecole@pennmedicine.upenn.edu
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/kylepcoleman87/SpaDecon
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/SpaDecon/
مجوز	-

# SpaDecon: cell-type deconvolution in spatial transcriptomics with semi-supervised learning ### Kyle Coleman, Jian Hu, Amelia Schroeder, Edward B. Lee, Mingyao Li* SpaDecon is a semi-supervised learning-based method developed to perform cell-type deconvolution on spatially resolved transcriptomics (SRT) datasets. SpaDecon has been shown to provide accurate cell-type deconvolution results for both Spatial Transcriptomics (ST) and 10X Visium SRT datasets. Annotated scRNA-seq gene expression data from the same type of tissue as the SRT data are required for deconvolution. ![png](images/spadecon_workflow.png) ## SpaDecon Installation - SpaDecon installation requires a python version of at least 3.6. The version of python can be checked by: ```python import platform platform.python_version() ``` '3.7.11' We recommend creating and activating a new conda environment when installing the SpaDecon package. For instance, ```bash conda create -n SpaDecon python=3.7 conda activate SpaDecon ``` There are mulitple ways to install SpaDecon: - Install SpaDecon using PyPI: ```bash pip3 install SpaDecon ``` - Download and install SpaDecon package from GitHub: ```bash git clone https://github.com/kpcoleman/SpaDecon cd SpaDecon/ python3 setup.py install --user ``` ## Tutorial A markdown tutorial file can be found here: https://github.com/kpcoleman/SpaDecon/blob/main/tutorial/Tutorial.md A tutorial in the form of a jupyter notebook can be found here: https://github.com/kpcoleman/SpaDecon/blob/main/tutorial/tutorial.ipynb ## Software Requirements python >= 3.6 keras==2.2.4 pandas==1.2.4 numpy==1.20.1 scipy==1.6.2 scanpy==1.7.0 anndata==0.7.6 sklearn tensorflow==1.14.0

نیازمندی

مقدار	نام
==2.2.4	keras
==1.2.4	pandas
==1.20.1	numpy
==1.6.2	scipy
==1.7.0	scanpy
==0.7.6	anndata
-	sklearn
==1.14.0	tensorflow

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl SpaDecon-1.1.1:

pip install SpaDecon-1.1.1.whl

نصب پکیج tar.gz SpaDecon-1.1.1:

pip install SpaDecon-1.1.1.tar.gz