معرفی شرکت ها

SPLICE-q-1.0.0

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
1.0.0
1.0.0

توضیحات

SPLICE-q is a fast and user-friendly Python tool for genome-wide SPLICing Efficiency quantification
ویژگی مقدار
سیستم عامل OS Independent
نام فایل SPLICE-q-1.0.0
نام SPLICE-q
نسخه کتابخانه 1.0.0
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Verônica R Melo Costa, Julianus Pfeuffer, Annita Louloupi, Ulf A V Ørom, Rosario M Piro
ایمیل نویسنده veronica.melocosta@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/vrmelo/SPLICE-q
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/SPLICE-q/
مجوز GPL-2
# SPLICE-q A Python tool for genome-wide **SPLI**cing **E**fficiency **q**uantification from RNA-seq data. [User Manual](https://github.com/vrmelo/SPLICE-q/wiki) ## Features - Quantification of individual intron splicing efficiencies from strand-specific RNA-seq data. - Sensitive to the overlap of genomic elements. - Fast and user-friendly. # Installation SPLICE-q can be installed from pip and from source. ## pip Using pip is the easiest way to install SPLICE-q. ```bash $ pip3 install SPLICE-q ``` ## Development/install from source ```bash $ git clone https://github.com/vrmelo/SPLICE-q $ cd SPLICE-q $ pip3 install -e . ``` Requirements - Python 3.6+ - PySam - InterLap - NumPy - Rich Operating Systems - Linux, macOS, and Windows 10 Subsystem for Linux. ## Usage To run SPLICE-q with default parameters, it requires a BAM file and a genome annotation file provided by GENCODE or Ensembl (GTF): ```bash $ SPLICE-q.py -b file.bam -g annotation.gtf ``` To specify an output file name and location: ```bash $ SPLICE-q.py -b file.bam -g annotation.gtf -o outfile.tsv ``` Need help? ```bash $ SPLICE-q.py -h ``` or check our [User Manual](https://github.com/vrmelo/SPLICE-q/wiki). ## Citation TBA


نیازمندی

مقدار نام
- pysam
- rich
- interlap
- numpy


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.6 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl SPLICE-q-1.0.0:

    pip install SPLICE-q-1.0.0.whl


نصب پکیج tar.gz SPLICE-q-1.0.0:

    pip install SPLICE-q-1.0.0.tar.gz