معرفی شرکت ها

SBMLKinetics-0.1.4

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.1.4
0.1.3
0.1.1
0.1.0
0.1.4
0.1.3
0.1.1
0.1.0

توضیحات

Analyze SBML kinetics.
ویژگی مقدار
سیستم عامل OS Independent
نام فایل SBMLKinetics-0.1.4
نام SBMLKinetics
نسخه کتابخانه 0.1.4
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Jin Xu, Joseph Hellerstein
ایمیل نویسنده jxu2019@uw.edu
آدرس صفحه اصلی https://github.com/ModelEngineering/kinetics_validator
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/SBMLKinetics/
مجوز MIT License
<img src="https://api.travis-ci.org/ModelEngineering/kinetics_validator.svg?branch=master" width="100"/> [![Coverage](https://codecov.io/gh/ModelEngineering/kinetics_validator/branch/master/graph/badge.svg)](https://codecov.io/gh/ModelEngineering/kinetics_validator) # SBMLKinetics SBMLKinetics is a Python package to evaluate and classify kinetics in SBML models. There are many possible kinetics like zeroth order, mass action, Michaelis-Menten, Hill kinetics and others. This work characterizes the kinetics in the BioModels Database as an example to improve modeling best practices. Our tool can analyze any data sets with SBML files as input. Users can also use this tool to compare different data sets. For instance, we compare the distribution of kinetics for signaling and metabolic networks and find the substantial differences between two types of networks. If you are using any of the code, please cite the PYPI web page (https://pypi.org/project/SBMLKinetics/). ## For users ### Installation ``pip install SBMLKinetics`` ## A Classification Example Here is a classification example generated by SBMLKinetics: <img src="https://raw.githubusercontent.com/ModelEngineering/kinetics_validator/master/docs/Figures/Fig1_curated.png" width="450" height="350"> Please see more examples in the documentation. ### Documentation Please see the documentation at https://modelengineering.github.io/kinetics_validator/ for details. ## For developers ### Setup environment - Install [spyder3](http://www.psych.mcgill.ca/labs/mogillab/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/spyder/doc/installation.html) - Clone the ``kinetics_validator`` repository using ``git clone https://github.com/ModelEngineering/kinetics_validator`` - Create a virtual environment for the project. - ``cd kinetics_validator`` - ``python -m venv kv`` - ``source kv/Scripts/activate`` (Use "\\" in windows.) - ``pip install -r requirements.txt`` - ``deactivate`` To verify the setup: - Return to the ``kinetics_evaluator`` directory. - ``source kv/Scripts/activate`` (Use "\\" in windows.) - ``export PYTHONPATH=`pwd` `` - ``python tests/test_simple_sbml.py``. The tests should run without error. (Use "\\" in windows.) ### Running Codes - ``cd kinetics_validator`` - ``source kv/bin/activate`` (Use "\\" in windows.) When you're done, use ``deactivate``. ### Documentation - ``examples/tutorial.py`` has code illustrating usage - ``SBMLKinetics/common/*.py`` has codes for the SmpleSBML (``simple_sbml.py``), Reaction (``reaction.py``), and KineticLaw (``kinetic_law.py``).


نیازمندی

مقدار نام
- coverage
- matplotlib
- nose
- numpy
- pandas
- pylint
- python-libsbml
>20 pip
- sympy
- tellurium
- urllib3
- seaborn
- xlsxwriter
- openpyxl


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.6 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl SBMLKinetics-0.1.4:

    pip install SBMLKinetics-0.1.4.whl


نصب پکیج tar.gz SBMLKinetics-0.1.4:

    pip install SBMLKinetics-0.1.4.tar.gz