معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

RNAseq pipeline

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	OS Independent
نام فایل	RuNAs-0.1
نام	RuNAs
نسخه کتابخانه	0.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Roberto Villegas-Diaz
ایمیل نویسنده	villegas.roberto@hotmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/villegar/runas/tree/v2
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/RuNAs/
مجوز	-

# RuNA-seq (ᚱᚢᚾᚨᛋ) */roonas/* Pipeline ![Rule Graph](images/rule-graph.png?raw=true "Rule Graph") ## Requirements - Python 3.6+ (using [Ana](https://anaconda.org)([mini](https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html))conda) ## Setup ```bash git clone https://github.com/villegar/runas --branch v2 cd runas conda env create -f environment.yml python download.genome.py human-genome.json ``` ## Execution ### Single node ```bash snakemake -j CPUS \ # maximum number of CPUs available to Snakemake --configfile config.json # configuration file ``` ### Multi-node ```bash snakemake -j JOBS \ # maximum number of simultaneous jobs to spawn --configfile config.json # configuration file --latency-wait 1000 \ # files latency in seconds --cluster-config cluster.json \ # cluster configuration file --cluster "sbatch --job-name={cluster.name} --nodes={cluster.nodes} --ntasks-per-node={cluster.ntasks} --output={cluster.log} --partition={cluster.partition} --time={cluster.time}" ``` #### Alternatively ```bash bash run_cluster &> log & ``` #### Cluster configuration (cluster.json) ```bash { "__default__" : { "time" : "1-00:00:00", "nodes" : 1, "partition" : "compute", "ntasks": "{threads}", "name": "RuNAs-{rule}", "log": "RuNAS-{rule}-%J.out" } } ``` #### Pipeline configuration (config.json) ```bash { "genome4phiX": { "PhiX": "ftp://igenome:G3nom3s4u@ussd-ftp.illumina.com/PhiX/Illumina/RTA/PhiX_Illumina_RTA.tar.gz" }, "genome4star": { "GRCm38.primary_assembly.genome.fa.gz": "ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M22/GRCm38.primary_assembly.genome.fa.gz", "gencode.vM22.annotation.gtf.gz": "ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M22/gencode.vM22.annotation.gtf.gz" }, "krakenDB": { "minikraken_20171019_8GB.tgz": "https://ccb.jhu.edu/software/kraken/dl/minikraken_20171019_8GB.tgz" }, "reads": { "extension": "fastq.gz", "path": "/gpfs/scratch/Classes/stat736/p53reads", "prefix": "SRR" }, "rRNAref": { "txid9606.fasta": "https://raw.githubusercontent.com/villegar/RuNAs/v2/txid9606.fasta" } } ```

نحوه نصب

نصب پکیج whl RuNAs-0.1:

pip install RuNAs-0.1.whl

نصب پکیج tar.gz RuNAs-0.1:

pip install RuNAs-0.1.tar.gz