معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A web-based tool to visualize activities in proteins

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	OS Independent
نام فایل	ProtViewer-0.0.6
نام	ProtViewer
نسخه کتابخانه	0.0.6
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Roman Joeres
ایمیل نویسنده	romanjoeres@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/Old-Shatterhand/ProtViewer
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/ProtViewer/
مجوز	MIT

# ProtViewer A tool to view activity pattern in protein structures. Protein structure visualization is only one application of this tool. One can visualize arbitrary graphs with some activity patterns with this tool. ## Website You can use the tool very easily to visualize activities of certain nodes in graphs. The [online-viewer](old-shatterhand.github.io/ProtViewer) can be used to visualize activity of nodes in a graph. One example is the binding prediction of some model for protein-ligand interactions. The model can output scores defining how much influence a certain node had on the prediction if or if not a certain protein binds to a target or not. ## Generating Activity Files You can easily generate the input files for the online viewer yourself be following the structure described in the "Activity File Structure" section below. ### Package Installation Otherwise, you can install the python package to generate the files using pip ``````shell pip install protviewer `````` and also updating is very easy. Just type ``````shell pip install --upgrade protviewer `````` ### Package Usage To use the package and generate the activities for a certain protein, just call ``````python from viewer import view view(pdb_file, output_dir, activities, distances) `````` This will generate the json-file inside the `output_dir` as `[pdb_file].json`. You can then directly upload this output file to the [web service](old-shatterhand.github.io/ProtViewer) and investigate what your model guided to the decision if a model binds or not. ## Activity File Structure The json-file you input to the [online-viewer](old-shatterhand.github.io/ProtViewer) has to have the following structure ``````json { "nodes": [ "AA_1": { "x": ..., "y": ..., "z": ..., "activity": ..., "distance": ..., }, ... ], "edges": { "start": [ 0, 2, 1, 5, 3, ... ], "end": [ 2, 1, 5, 3, 6, ... ] } } ``````

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.0	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl ProtViewer-0.0.6:

pip install ProtViewer-0.0.6.whl

نصب پکیج tar.gz ProtViewer-0.0.6:

pip install ProtViewer-0.0.6.tar.gz