معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A package for creating variant protein databases for bacteria from Pool-seq experiments

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	OS Independent
نام فایل	PoolSeqProGen-0.0.2
نام	PoolSeqProGen
نسخه کتابخانه	0.0.2
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Rigbe G. Weldatsadik
ایمیل نویسنده	rigbe.weldatsadik@helsinki.fi
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/RigbeGW/poolseq_variantdb
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/PoolSeqProGen/
مجوز	-

# PoolSeqProGen : a python package for Pool-seq driven proteogenomics protein database creation in bacteria This python package creates a proteogenomic database from Pooled sequencing experiments by interrogating sorted bam alignment files to include more than one version(due to mutations) of a tryptic peptide. This way it reduces the database size since only those variant sequences containing mutations in a certain order as seen in the alignment file and not all combinations of variant sequences are used. In addition to the tryptic peptides containing mutations, their 'wild type' protein sequences are written to the database. Also the proteins that do not contain mutations are recorded. Requirements: It uses pysam,pyteomics and biopython packages. IF you use this package, please cite: Weldatsadik RG , Datta N, Kolmeder C, Vuopio J , Kere J , Wilkman SV et al. Pool-seq driven proteogenomic database for Group G Streptococcus . Journal of Proteomics . 2019 June 15; 201: 84-92. https://doi.org/10.1016/j.jprot.2019.04.015 ``` Installation : pip install PoolSeqProGen usage: generate_variants [-h] --genbankFile GENBANKFILE --bamFile BAMFILE --SnpEffTextOutputFile SNPEFFTEXTOUTPUTFILE [--geneticCodeID GENETICCODEID] [--fastaFile FASTAFILE] [--poolID POOLID] optional arguments: -h, --help show this help message and exit --genbankFile GENBANKFILE the path to genbank file for the reference genome --bamFile BAMFILE the path to the sorted alignment bam file for retrieving reads from --SnpEffTextOutputFile SNPEFFTEXTOUTPUTFILE the path to the text output file from SnpEff. Make sure the chromosome is the same as that found in the bam file. --geneticCodeID GENETICCODEID the genetic code id of your species https: // www.ncbi.nlm.nih.gov / Taxonomy / Utils / wprintgc.cgi --fastaFile FASTAFILE the path to the fasta output file --poolID POOLID Qualifiers to add to the fasta header ```

نیازمندی

مقدار	نام
-	pyteomics
-	biopython
-	pysam

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=2.7,>=3.3	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl PoolSeqProGen-0.0.2:

pip install PoolSeqProGen-0.0.2.whl

نصب پکیج tar.gz PoolSeqProGen-0.0.2:

pip install PoolSeqProGen-0.0.2.tar.gz