معرفی شرکت ها

PhageBoost-0.1.7

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.1.7
0.1.6
0.1.5
0.1.4
0.1.7
0.1.6
0.1.5
0.1.4

توضیحات

a Fast Prophage and Phage Predictor
ویژگی مقدار
سیستم عامل OS Independent
نام فایل PhageBoost-0.1.7
نام PhageBoost
نسخه کتابخانه 0.1.7
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Kimmo Sirén and Thomas Sicheritz-Pontén
ایمیل نویسنده kkpsiren@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/ku-cbd/PhageBoost
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/PhageBoost/
مجوز -
# PhageBoost Rapid discovery of novel prophages using biological feature engineering and machine learning TBA ## Introduction ![Predictions](fig1a.png) Prophage predictor based on gene features against a background. Prophages are phages integrated into prokaryotic genomes that drive many aspects of bacterial biology. Their extreme diversity means they are challenging to detect using sequence similarity. We present a novel fast and generalizing machine learning method to facilitate novel phage discovery. ## Publications to be added ## Getting Started ### Installation #### from PyPI ``` conda create -y -n PhageBoost-env python=3.7 conda activate PhageBoost-env pip install PhageBoost PhageBoost -h ``` #### from GitHub ``` conda create -y -n PhageBoost-env python=3.7 conda activate PhageBoost-env git clone git@github.com:ku-cbd/PhageBoost.git cd PhageBoost/ python setup.py bdist_wheel pip install --user . PhageBoost -h ``` ### CLI ``` PhageBoost -h PhageBoost -f example/data/NC_000907.fasta.gz -o results ``` ### Notebooks There are basic notebook examples in the ```notebooks/``` These notebooks provide a way how to bring your own genecalls to PhageBoost. You can connect your PhageBoost kernel to your pre-existing Jupyter via ipykernel: ``` conda activate PhageBoost pip install ipykernel python -m ipykernel install --user --name PhageBoost --display-name "PhageBoost" ```


نیازمندی

مقدار نام
- biopython
- joblib
- more-itertools
- numpy
- pandas
- pickleshare
- pyrodigal
- scipy
- tables
- xgboost
- cachier
- tabulate


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.6 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl PhageBoost-0.1.7:

    pip install PhageBoost-0.1.7.whl


نصب پکیج tar.gz PhageBoost-0.1.7:

    pip install PhageBoost-0.1.7.tar.gz