معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Python3 client API for PanelApp

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	OS Independent
نام فایل	PanelAppAPI-1.1
نام	PanelAppAPI
نسخه کتابخانه	1.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Edoardo Giacopuzzi
ایمیل نویسنده	edoardo.giacopuzzi@fht.org
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/edg1983/
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/PanelAppAPI/
مجوز	MIT

> Description from GitHub `readme.md`: # PanelApp tools This containts a simple class to interact with the PanelApp API. See the (PanelApp website)[https://panelapp.genomicsengland.co.uk/] The main class is `PanelApp`. This also expose a cli command `panelapp_dump` that can be used to download PanelApp panels to tables. By default, it will download GREEN and AMBER genes for all panels in GRCh38 version into `panelapp_[currentdate]` folder. You can user arguments to change genome build, output folder and gene confidence level (see `--help`) Following methods are available in the `PanelApp` class - `listPanels(self, panel_id=False, name=False, disease=False)` : Return pandas dataframe of panels based on the search criteria. When no criteria used returns for all panels. Search criteria work as OR. - `getPanelId(self, name='.*', disease='.*')` Return list of panels ids according to the search criteria. Search criteria work as OR. - `getGenes(self, pid=False, name=False, disease=False, level=3, out_format="df", build="GRCh38")` Return True/False (indicating if any genes found) and a pandas dataframe for the genes of interest. First search for relevant panels using the `pid`, `name` and `disease`, then for the resulting panels get genes informations for genes with level above the value set by `level` option (level 3 = GREEN genes, 2 = AMBER, 1 = RED). You can ask for `GRCh38` or `GRCh37` coordinates and the returned dataframe can be structure as a BED file using `out_format="bed"` - `dumpPanels(self, output_dir, panels="all", level=3, build="GRCh38")` Save panels to disk as tables of genes named by panel id and also save a index table describing panels for each panel id. You can pass a list of panel ids to `panels` or use all to save all panels. You can set the minimum level of confidence for saved genes using `level` and the genome build for coordinates using `build`.

نیازمندی

مقدار	نام
-	pandas
-	requests

نحوه نصب

نصب پکیج whl PanelAppAPI-1.1:

pip install PanelAppAPI-1.1.whl

نصب پکیج tar.gz PanelAppAPI-1.1:

pip install PanelAppAPI-1.1.tar.gz