معرفی شرکت ها

PacbioDataProcessing-1.2.2

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
1.2.2
1.2.1
1.2.0
1.1.0
1.2.2
1.2.1
1.2.0
1.1.0

توضیحات

Tools to process PacBio sequencing data at molecule level
ویژگی مقدار
سیستم عامل OS Independent
نام فایل PacbioDataProcessing-1.2.2
نام PacbioDataProcessing
نسخه کتابخانه 1.2.2
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده ['David Palao <david.palao@gmail.com>']
نویسنده -
ایمیل نویسنده David Palao <david.palao@gmail.com>, David Velázquez <david.velazquez@protonmail.com>
آدرس صفحه اصلی -
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/PacbioDataProcessing/
مجوز -
======== Overview ======== .. image:: https://badge.fury.io/py/PacbioDataProcessing.svg :target: https://badge.fury.io/py/PacbioDataProcessing .. image:: https://img.shields.io/pypi/pyversions/PacbioDataProcessing :target: https://pypi.python.org/pypi/PacbioDataProcessing :alt: PyPI - Python Version .. image:: https://readthedocs.org/projects/pacbio-data-processing/badge/?version=latest :target: https://pacbio-data-processing.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest :alt: Documentation Status This project is about detecting modifications of DNA in PacBio sequencing data stored in the BAM format. The PacBio sequencing data is processed at molecule level: each molecule/ZMW/hole number is analyzed individually. To learn how to start using this software, have a look at the quickstart_ section. Or check the usage_ section, for more details. * Free software: GNU General Public License v3 * Documentation: https://pacbio-data-processing.readthedocs.io * Gitlab repository: https://gitlab.com/dvelazquez/pacbio-data-processing Features ======== * Detection of individual ``m6A`` modifications in each molecule. * The single molecule analysis of a BAM file can be performed with a command line interface (CLI) program ``sm-analysis`` or using a simple graphical user interface (GUI) program, ``sm-analysis-gui``. * The single molecule analysis can be parallelized to speed up the processing of large BAM files. * An auxiliary executable, ``bam-filter``, is also provided. Credits ======= This package was created with Cookiecutter_ and the `palao/cookiecutter-genrepo-pypackage`_ project template. .. _quickstart: https://pacbio-data-processing.readthedocs.io/en/latest/quickstart.html .. _usage: https://pacbio-data-processing.readthedocs.io/en/latest/usage/index.html .. _Cookiecutter: https://github.com/audreyr/cookiecutter .. _`palao/cookiecutter-genrepo-pypackage`: https://github.com/palao/cookiecutter-genrepo-pypackage


نیازمندی

مقدار نام
- biopython
- pysam
- pyfaidx
- matplotlib
- seaborn~=0.12
- pandas
- numpy
- bump2version
- flit
- watchdog
- Sphinx
- Sphinx-Substitution-Extensions
- sphinx-prompt
- Gooey
- psutil
- pytest
- pytest-runner
- pytest-cov
- pytest-subtests
- flake8
- tox
- coverage


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.8 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl PacbioDataProcessing-1.2.2:

    pip install PacbioDataProcessing-1.2.2.whl


نصب پکیج tar.gz PacbioDataProcessing-1.2.2:

    pip install PacbioDataProcessing-1.2.2.tar.gz