معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

MGLEX - MetaGenome Likelihood EXtractor

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	POSIX :: Linux
نام فایل	MGLEX-0.2.1
نام	MGLEX
نسخه کتابخانه	0.2.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Johannes Dröge
ایمیل نویسنده	code@fungs.de
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/fungs/mglex
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/MGLEX/
مجوز	GNU General Public License, version 3 (GPL-3.0)

=============================== MGLEX =============================== This Python Package provides a probabilistic model to classify nucleotide sequences in metagenome samples. It was developed as a framework to help researchers to reconstruct individual genomes from such datasets using custom workflows and to give developers the possibility to integrate the model into their programs. * Free software: GPLv3 license * Source code: https://github.com/fungs/mglex * Documentation: https://mglex.readthedocs.io Features -------- * Integrates nucleotide composition, multi-sample coverage and taxonomic annotation * Learns a model in linear time with respect to the number of input sequences * Classifies novel sequences in linear time * Calculates likelihood and p-values * Calculates probabilistic distances between genome bins Dependencies ------------ MGLEX is a Python 3 package, it **does not run with Python 2 versions**. It depends on * NumPy * SciPy (for few functions) * docopt Installation ------------ Install dependencies with Debian/Ubuntu & Python-Virtualenv ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ We show how to install MLGEX under Debian and Ubuntu, but other platforms are similar. You can simply install the requirements as system packages. .. code-block:: sh sudo apt install python3 python3-numpy python3-scipy We recommend to create a `Python virtual installation enviroment <https://docs.python.org/3/library/venv.html>`_ for MGLEX. In order to do so, install the venv package for your Python version (e.g. the Debian package python3.4-venv), if not included (or use `virtualenv <https://pypi.python.org/pypi>`_). The following command will make use of the installed system packages. .. code-block:: sh python3 -m venv --system-site-packages mglex-env source mglex-env/bin/activate Install dependencies with Conda ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Similarly, you can use Anaconda or Conda to prepare an environment with the dependencies and activate it. .. code-block:: sh conda create -n mglex-env -c conda-forge numpy scipy docopt python=3 source activate mglex-env Install MGLEX Python package ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ MGLEX is deposited on the `Python Package Index <https://pypi.python.org/pypi>`_ and we recommend to install it via `pip <https://docs.python.org/3/installing/>`_. .. code-block:: sh python -m pip install mglex Credits --------- This package was created using NumPy by Johannes Dröge at the Computational Biology of Infection Research Group at the Helmholtz Centre for Infection Research, Braunschweig, Germany. Please cite: Dröge J, Schönhuth A, McHardy AC. (2017) A probabilistic model to recover individual genomes from metagenomes. PeerJ Computer Science 3:e117 https://doi.org/10.7717/peerj-cs.117

نیازمندی

مقدار	نام
>=1.8.2	numpy
>=0.13.3	scipy
>=0.6.2	docopt

نحوه نصب

نصب پکیج whl MGLEX-0.2.1:

pip install MGLEX-0.2.1.whl

نصب پکیج tar.gz MGLEX-0.2.1:

pip install MGLEX-0.2.1.tar.gz