معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	OS Independent
نام فایل	KmerGenerator-0.0.4
نام	KmerGenerator
نسخه کتابخانه	0.0.4
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Samuel Galva\~o Elias
ایمیل نویسنده	sgelias@outlook.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/sgelias/kmer-generator.git
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/KmerGenerator/
مجوز	-

# kmer-generator Get a kmer list given a single DNA or RNA sequence. ## Base sets Kmers can be generated using the standart four nucleotide codes A, C, T (or U), and G, and also all anbiguous codes of IUPAC convention (https://www.bioinformatics.org/sms/iupac.html). # Install ```bash $ pip install KmerGenerator ``` # Usage Instance the class and store in a object. ```python from KmerGenerator import KmerGenerator, BaseSet kgenerator = KmerGenerator() ``` Print IUPAC convention code used in KmerGenerator. ```python kgenerator.base_set_descriptions() ``` The output is: ``` A => Adenine C => Cytosine G => Guanine T => Thymine U => Uracil R => A or G Y => C or T S => G or C W => A or T K => G or T M => A or C B => C or G or T D => A or G or T H => A or C or T V => A or C or G N => any ``` Note: To generate kmers with ambiguous IUPAC codes (R, Y, S, ...), create an instance of the class and set the ***base_set*** parameter. Set objects containing example sequence, kmer length, and base_set Enum. ```python sequence = 'AUCAUCAUGGGAUAUAUUGGCCCCCUAARCUUAUAUCUCUGGSAAUGACUCUAUAUU' k = 3 base_set = BaseSet.Dubious2 ``` Then, generate kmer. ```python kmers = kgenerator.count_kmer(sequence, k, base_set) print(kmers) ``` The output: ``` [{'AAU': 1}, {'AAR': 1}, {'ACU': 1}, {'AUA': 3}, {'AUC': 3}, {'AUG': 2}, {'AUU': 2}, {'ARC': 1}, {'CAU': 2}, {'CCC': 1}, {'CCU': 1}, {'CUA': 2}, {'CUC': 2}, {'CUG': 1}, {'CUU': 1}, {'GAC': 1}, {'GAU': 1}, {'GCC': 1}, {'GGA': 1}, {'GGC': 1}, {'GGG': 1}, {'GGS': 1}, {'GSA': 1}, {'UAA': 1}, {'UAU': 3}, {'UCA': 2}, {'UCU': 2}, {'UGA': 1}, {'UGG': 3}, {'UUA': 1}, {'UUG': 1}, {'RCU': 1}, {'SAA': 1}] ``` Notice that only kmers with a frequency higher than zero are returned.

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl KmerGenerator-0.0.4:

pip install KmerGenerator-0.0.4.whl

نصب پکیج tar.gz KmerGenerator-0.0.4:

pip install KmerGenerator-0.0.4.tar.gz