معرفی شرکت ها

GetTss-0.0.2

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.0.2
0.0.2

توضیحات

Get gene TSS site and export bed format from GTF annotation file
ویژگی مقدار
سیستم عامل OS Independent
نام فایل GetTss-0.0.2
نام GetTss
نسخه کتابخانه 0.0.2
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده laojunjun
ایمیل نویسنده 3219030654@stu.cpu.edu.cn
آدرس صفحه اصلی https://github.com/junjunlab/GetTss
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/GetTss/
مجوز -
# GetTss python Package ### extract gene TSS site form gencode/ensembl/gencode database GTF file and export bed format file. ## Install ```shell $ pip install GetTss ``` ## Usage help infomation: ```shell $ GetTss -h usage: GetTss --database ucsc --gtffile hg19.ncbiRefSeq.gtf --tssfile testTSS.bed Get gene TSS site and export bed format from GTF annotation file. optional arguments: -h, --help show this help message and exit -v, --version show program's version number and exit -d {ucsc,ensembl,gencode}, --database {ucsc,ensembl,gencode} which annotation database you choose. (default="ensembl") -g GTFFILE, --gtffile GTFFILE input your GTF file. (ucsc/ensembl/gencode) -t TSSFILE, --tssfile TSSFILE output your TSS file. (test-TSS.bed) Thank your for your support, if you have any questions or suggestions please contact me: 3219030654@stu.cpu.edu.cn. ``` for ucsc gtf file: ```shell $ GetTss -d ucsc -g hg19.ncbiRefSeq.gtf -t ucsc-TSS.bed Your job is starting, please wait! You GTF file have: 104178 transcripts. Your task has down! $ head -n 3 ucsc-TSS.bed chrMT 16023 16024 TRNP . - chrMT 15887 15888 TRNT . + chrMT 14746 14747 CYTB . + ``` for gencode/ensembl gtf file: ```shell $ GetTss -d gencode -g gencode.v19.annotation.gtf -t test-TSS.bed Your job is starting, please wait! You GTF file have: 57820 genes. Your task has down! $ head -n 3 test-TSS.bed chr1 11868 11869 ENSG00000223972.4 . + chr1 29806 29807 ENSG00000227232.4 . - chr1 29553 29554 ENSG00000243485.2 . + ``` ## plot peaks density around TSS compute matrix: ```shell $ computeMatrix reference-point -S normal.bw treat.bw \ -R myTSS.bed \ --referencePoint center \ -a 3000 -b 3000 -p 25 \ -out matrix.tab.gz ``` plot Profile: ```shell $ plotProfile -m matrix.tab.gz \ -out profile.pdf \ --perGroup \ --plotTitle 'test profile' ```


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.6 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl GetTss-0.0.2:

    pip install GetTss-0.0.2.whl


نصب پکیج tar.gz GetTss-0.0.2:

    pip install GetTss-0.0.2.tar.gz