معرفی شرکت ها

GetTsite-0.0.3

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.0.3
0.0.3

توضیحات

Get gene TSS/TES site and export bed format from GTF annotation file
ویژگی مقدار
سیستم عامل OS Independent
نام فایل GetTsite-0.0.3
نام GetTsite
نسخه کتابخانه 0.0.3
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده laojunjun
ایمیل نویسنده 3219030654@stu.cpu.edu.cn
آدرس صفحه اصلی https://github.com/junjunlab/GetTsite
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/GetTsite/
مجوز -
# GetTsite python Package ### extract gene TSS/TES site form gencode/ensembl/gencode database GTF file and export bed format file. ## Install ```shell $ pip install GetTsite ``` ## Usage help infomation: ```shell $ GetTss -h usage: GetTss --database ucsc --gtffile hg19.ncbiRefSeq.gtf --tssfile testTSS.bed Get gene TSS site and export bed format from GTF annotation file. optional arguments: -h, --help show this help message and exit -v, --version show program's version number and exit -d {ucsc,ensembl,gencode}, --database {ucsc,ensembl,gencode} which annotation database you choose. (default="ensembl") -g GTFFILE, --gtffile GTFFILE input your GTF file. (ucsc/ensembl/gencode) -t TSSFILE, --tssfile TSSFILE output your TSS file. (test-TSS.bed) Thank your for your support, if you have any questions or suggestions please contact me: 3219030654@stu.cpu.edu.cn. ``` for ucsc gtf file: ```shell $ GetTss -d ucsc -g hg19.ncbiRefSeq.gtf -t ucsc-TSS.bed Your job is starting, please wait! You GTF file have: 104178 transcripts. Your task has down! $ head -n 3 ucsc-TSS.bed chrMT 16023 16024 TRNP . - chrMT 15887 15888 TRNT . + chrMT 14746 14747 CYTB . + ``` for gencode/ensembl gtf file: ```shell $ GetTss -d gencode -g gencode.v19.annotation.gtf -t test-TSS.bed Your job is starting, please wait! You GTF file have: 57820 genes. Your task has down! $ head -n 3 test-TSS.bed chr1 11868 11869 ENSG00000223972.4 . + chr1 29806 29807 ENSG00000227232.4 . - chr1 29553 29554 ENSG00000243485.2 . + ``` the usage of GetTes is same as GetTss: ```shell $ GetTes -d ucsc -g hg19.ncbiRefSeq.gtf -t ucsc-TSS.bed $ GetTes -d gencode -g gencode.v19.annotation.gtf -t test-TES.bed ``` ## plot peaks density around TSS compute matrix: ```shell $ computeMatrix reference-point -S normal.bw treat.bw \ -R myTSS.bed \ --referencePoint center \ -a 3000 -b 3000 -p 25 \ -out matrix.tab.gz ``` plot Profile: ```shell $ plotProfile -m matrix.tab.gz \ -out profile.pdf \ --perGroup \ --plotTitle 'test profile' ```


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.6 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl GetTsite-0.0.3:

    pip install GetTsite-0.0.3.whl


نصب پکیج tar.gz GetTsite-0.0.3:

    pip install GetTsite-0.0.3.tar.gz