معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Extract gene length based on featureCount calculation gene nonredundant exon length method.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	OS Independent
نام فایل	GetGeneLength-0.0.4
نام	GetGeneLength
نسخه کتابخانه	0.0.4
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	laojunjun
ایمیل نویسنده	3219030654@stu.cpu.edu.cn
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/junjunlab/GetGeneLength
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/GetGeneLength/
مجوز	-

# GetGeneLength Package - Extract gene length based on featureCount calculation gene nonredundant exon length method. - If you want to calculate TPM/FPKM/RPKM to visualize results and for other downstream analysis with only count matrix, you can use this **GetGeneLength** function to get gene length information and get normalized values. ## Install ```shell $ pip install GetGeneLength ``` ## Usage help infomation: ```shell $ GetGeneLength -h usage: GetGeneLength --database ensembl --gtffile gencode.v38.annotation_human.gtf --lengthfile gene_length.txt Get gene length from GTF annotation file. optional arguments: -h, --help show this help message and exit -v, --version show program's version number and exit -d {ucsc,ensembl,gencode}, --database {ucsc,ensembl,gencode} which annotation database you choose. (default="ensembl") -g GTFFILE, --gtffile GTFFILE input your GTF file. (ucsc/ensembl/gencode) -l LENGTH_INFO, --lengthfile LENGTH_INFO output your gene lenth file. (gene_length.txt) Thank your for your support, if you have any questions or suggestions please contact me: 3219030654@stu.cpu.edu.cn. ``` for ucsc gtf file: ```shell $ GetGeneLength -d ucsc -g hg38.ncbiRefSeq.gtf -l ucsc_gene_length.txt Your job is running, please wait... Your job is done! $ head -n 3 ucsc_gene_length.txt TRNP TRNP 68 TRNT TRNT 66 CYTB CYTB 1141 ``` for gencode/ensembl gtf file: ```shell $ GetGeneLength -d gencode -g gencode.v38.annotation_human.gtf -l gene_length.txt Your job is running, please wait... Your job is done! $ head -n 3 gene_length.txt DDX11L1 ENSG00000223972.5 transcribed_unprocessed_pseudogene 1735 WASH7P ENSG00000227232.5 unprocessed_pseudogene 1351 MIR6859-1 ENSG00000278267.1 miRNA 68 ```

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl GetGeneLength-0.0.4:

pip install GetGeneLength-0.0.4.whl

نصب پکیج tar.gz GetGeneLength-0.0.4:

pip install GetGeneLength-0.0.4.tar.gz