معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Tool to ease GIST analysis and display and select FEBISS waters

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	Febiss-0.9.0
نام	Febiss
نسخه کتابخانه	0.9.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Miguel Steiner
ایمیل نویسنده	steiner.mig@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/Febiss/
مجوز	MIT

Free Energy Based Identification of Solvation Sites (FEBISS) ============================================================ Installation ------------ FEBISS can be installed using pip (pip3) once the repository has been cloned: .. code-block:: bash git clone https://github.com/PodewitzLab/FEBISS.git pip install ./febiss A non super user can install the package using a virtual environment, or the ``--user`` flag. A manual with detailed instructions can be found in the Github repo. Prerequisites ------------- Basic Requirements .................. FEBISS is expected to run on Linux systems and the following programs/packages are required: - Python3 - Git - GCC >= v7.0.0 Febiss Python Package ..................... The main Python package called FEBISS requires only basic additional packages, which will be automatically installed when installing FEBISS, using ``pip``. These packages are listed in the file ``requirements.txt``. C++ Requirements ................ To run analyses of trajectories the open-source software CPPTRAJ modified with the GIGIST repository is used. These dependencies are not necessary for the installation of FEBISS, but rather FEBISS provides a script to set-up these dependencies via .. code-block:: bash febiss_setup Please be aware that CPPTRAJ may require libraries that cannot be installed via FEBISS, but have to be installed by the user first. CPPTRAJ makes use of the following libraries: - NetCDF - BLAS - LAPACK - Gzip - Bzip2 - Parallel NetCDF (-mpi build only, for NetCDF trajectory output in parallel) - CUDA (-cuda build only) - FFTW (mostly optional; required for PME functionality and very large FFTs) We therefore recommend to install some basic libraries via .. code-block:: bash sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev libbz2-dev libnetcdf-dev Should you encounter difficulties in the installation of CPPTRAJ, we refer to the README of the GIGIST and CPPTRAJ repositories. Basic Usage ----------- If you installed FEBISS and its dependencies ``febiss_setup``, you can use FEBISS to analyse trajectories for water placements, plot the data and select the waters you want to further investigate within a bar chart. To get a list of all available options and a useful input file, you can call .. code-block:: bash febiss_settings This will place the file ``all-settings.yaml`` in your current directory. This input file requires only 2 alterations to be a valid input file. You have to give the name of your topology file and the base name of your trajectory file(s). Along those 2 mandatory settings you find all other available settings both for the GIST analysis and the plotting of the retrieved data. Once you performed the analysis, you can also skip this step and directly plot the data. The analysis and plotting are done via calling the main program along with the yaml input file: .. code-block:: bash febiss all-settings.yaml

نیازمندی

مقدار	نام
>=2020.12.5	certifi
>=0.10.0	cycler
>=1.3.1	kiwisolver
>=3.3.4	matplotlib
>=1.19.5	numpy
>=8.1.0	Pillow
>=2.4.7	pyparsing
>=2.8.1	python-dateutil
>=5.4.1	PyYAML
>=1.5.4	scipy
>=1.15.0	six

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl Febiss-0.9.0:

pip install Febiss-0.9.0.whl

نصب پکیج tar.gz Febiss-0.9.0:

pip install Febiss-0.9.0.tar.gz